Detección por PCR de fagos de Lactobacillus casei/paracasei

BINETTI, A. G.; REINHEIMER, J. A.

Buenos Aires

Congreso; III Congreso Argentino de Microbiología de Alimentos; 2006

Asociación Argentina de Microbiología

La industria argentina al igual que la mundial, sufre serios problemas tecnológicos y económicos causados por las infecciones fágicas. En los últimos años ha asistido, obedeciendo a una tendencia mundial, a una verdadera revolución en la formulación microbiológica de las leches fermentadas. Estos cambios implican el agregado de otras bacterias (lácticas y no lácticas), aisladas del intestino humano, comúnmente denominadas “probióticos”. Como consecuencia de este uso tan intensivo, ya se han reportado los primeros episodios de infecciones fágicas a bacterias probióticas de alto valor comercial. Usualmente, los análisis de fagos a partir de muestras industriales se llevan a cabo utilizando los métodos microbiológicos estandarizados. La principal desventaja que presentan estos métodos es la necesidad de encontrar una cepa sensible a los fagos presentes así como la gran demanda de tiempo que requieren, una de las variables más críticas en el momento de tomar las decisiones adecuadas frente a los problemas que enfrenta frecuentemente cualquier industria. La PCR es una técnica extremadamente útil que, frente a la creciente necesidad de monitoreo de fagos en la industria, ya ha sido adaptada a la detección de fagos de diversas bacterias lácticas. Teniendo en cuenta estos antecedentes y la continua y creciente amenaza que representan para la industria los fagos de L. casei/paracasei, se diseñó un sistema de detección por PCR, basado en una de las regiones altamente conservadas perteneciente al módulo de replicación de los fagos de L. casei A2 y AT3. A partir del alineamiento de sus genomas, se diseñó una pareja de oligonucleótidos que permitió amplificar, a partir de la totalidad de muestras analizadas, fragmentos del tamaño esperado (590 bp, aproximadamente), utilizando ADN fágico como templado de reacción. Las muestras que se utilizaron para la puesta a punto del sistema fueron fagos específicos de L. casei/paracasei, aislados de procesos industriales de Argentina. Asimismo, se incluyeron fagos de colecciones internacionales como referencia. Para validar el método de detección, se secuenciaron los amplicones, se alinearon las sus secuencias y se diseñaron nuevos oligonuclétidos internos, más útiles para comprobar la universalidad de nuestro sistema. La totalidad de los fagos estudiados hasta el momento dio una señal de PCR de 356 bp, correspondiente a una región altamente conservada del genoma fágico. Los resultados obtenidos indican que el método ofrece una alta especificidad y sensibilidad para la detección de fagos de L. casei/paracasei. Además, una de las principales ventajas de esta técnica es que elimina la necesidad de disponer de cepas sensibles a los bacteriofagos presentes, razón por la cual, en determinados casos, los métodos tradicionales de detección de fagos arrojan resultados falsos.