Caracterización y análisis filogenético de familias de retrotransposones presentes en el genoma de Solanum tuberosum

MASUELLI RW; GANTUZ M

Mendoza- Lujan de Cuyo

Congreso; XXXVI J. Arg. Bot. - XXVIII Reunión Anual Soc. Bot. Chile; 2017

Sociedad Argentina de Botánica

Se estima que el contenido de ADN repetitivo en el genoma de S.tuberosum (844 MB) alcanza el 86%, está principalmente compuesto por retrotransposones (RT) de tipo LTR, siendo las superfamilias más representadas: Gypsy y Copia. En este análisis caracterizamos las familias de RT presentes en el genoma de S.tuberosum con el objetivo de identificar posibles elementos activos y evaluar su utilidad como marcadores para estudios filogenéticos y el mejoramiento genético de la especie. A partir de 47 secuencias anotadas en el genoma de S.tuberosum, clasificadas como LTR-Gypsy y de 97 secuencias LTR-Copia se analizó la presencia de dominios conservados de proteínas (BLASTP-BLASTX), se realizó el alineamiento de las secuencias proteicas de Retrotranscriptasa y RNAsaH (BioEdit y Clustal X), se evaluó el modelo evolutivo (MEGA) y se realizó la reconstrucción filogenética por máxima verosimilitud (PhyML). El análisis de los RT de tipo Gypsy mostró agrupamientos con RT identificados previamente en plantas, específicamente los clados: Galadriel, Del, Reina, CMR, Athila y That; se identificaron RT de inserción reciente pertenecientes al clado Reina. Por otro lado el análisis de los RT de tipo Copia mostró un grupo mayoritario (Retrofit) en el que se identificaron inserciones recientes. Esta información es un punto de partida para el estudio de la activación de RT en poblaciones naturales de papa y para su utilización como marcadores moleculares para el análisis genético y el mejoramiento.