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La quinua (Chenopodium quinoa Willd.) es un cultivo ancestral de los pueblos andinos, que ha resurgido en los últimos años por ser re-descubiertas sus propiedades nutricionales y por su resistencia al estrés abiótico.1 Una de las principales proteínas de reserva de la semilla es la globulina 11S cuya función principal es ser la fuente principal de nitrógeno para la planta en desarrollo y comprende el 37% del contenido total de las proteínas presentes en la quinua.3 A pesar de haber sido estudiada, la proteína 11S de quinua aún no fue cristalizada y por lo tanto no se conoce su estructura secundaria y terciaria. Esta información es de crucial importancia para poder predecir sitios de unión a ligandos y comportamiento de la proteína en distintos medios. El objetivo de este trabajo fue modelar la proteína 11S de quinua en distintas plataformas y compararlas para obtener una estructura en formato pdb, de tal manera que la construcción pueda usarse con otros fines bioinformáticos como docking o dinámica molecular. La proteína presenta alta homología con diversas proteínas vegetales de tipo globulina 11S, en particular presenta la mayor homología con la 11S de amaranto (Amaranthus hypochondriacus), que se encuentra cristalizada con estructura en PDB. Se usó esta proteína para realizar el modelado por homología con la plataforma Swiss Model, obteniéndose un modelo con un quaternary structure quality estimate (QSQE) de 0,75, que presenta alta confianza en casi toda la proteína excepto por la región entre las cadenas ácida y básica, que presenta un loop de baja confianza. Adicionalmente, en la base de datos de Alphafold se encuentra modelada la estructura de la 11S, con ello se realizó el alineamiento estructural con la estructura modelada y se encontró alta similitud entre ambas. La zona que presentó diferencias fue la región de baja confianza de ambas plataformas, lo cual podría indicar que esta zona es muy flexible y por lo tanto no esté fija, sino que se mueve continuamente. Como conclusión, se pudo modelar la proteína 11S de quinua por homología a la proteína 11S de amaranto, y esta estructura tiene una alta confianza en su estructura secundaria. Es posible usar esta estructura para realizar ensayos bioinformáticos como docking o dinámica molecular.

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