Análisis genómico y proteómico de fagos de Lactobacillus plantarum. POSTER

BRIGGILER MARCÓ, M.; GARNEAU, J.; QUIBERONI, A.; REINHEIMER, J.; MOINEAU, S.

Santa Fe

Simposio; II Simposio Argentino de Lactología; 2012

INLAIN (UNL-CONICET), ITA (FIQ, UNL)

Entre los fagos que infectan a bacterias lácticas, aquellos específicos de Streptococcus thermophilus y Lactococcus lactis han sido los más aislados y mejor caracterizados. Además, se han aislado, aunque en menor cantidad, fagos infectivos del género Lactobacillus. En particular, se reportó el aislamiento de 24 fagos de Lactobacillus plantarum y sólo 4 de ellos fueron secuenciados. Por esta razón, el objetivo de este trabajo fue realizar el análisis genómico y proteómico de dos fagos de colección de Lb. plantarum, ATCC 8014-B1 (B1) y ATCC 8014-B2 (B2). Los genomas fágicos fueron secuenciados usando el sistema 454 GS FLX Titanium pyro sequencing (Roche Life sciences) de la plataforma para análisis genómico de la Université Laval (Québec City, Canada). Las secuencias fueron editadas usando el software BioEdit y los ORFs (Open Reading Frames) identificados mediante los programas ORF Finder y GeneMark. Las funciones para cada ORF fueron determinados usando el programa Blast2go, la base de datos de NCBI (National Center for Biotechnology Information) y EMBL interproscan sequence search. Los ARNt fueron identificados mediante el servidor tRNAscan-SE. Finalmente, las proteínas estructurales de las partículas fágicas purificadas fueron identificadas mediante electroforesis en geles de SDS-PAGE y Cromatografía Líquida acoplada a Espectrometría de Masa en tándem (LC-MS/MS). Para el fago B1, el genoma fue de 38,0 kb mientras que el del fago B2 correspondió a 80,6 kb siendo el contenido de GC de 47,6% y 36,9%, respectivamente. El fago B1 presentó un mecanismo de empaquetamiento del ADN genómico del tipo pac mientras que para el fago B2 fue del tipo cos, con un extremo cohesivo de 11 bp. El análisis bioinformático reveló 60 ORFs para el fago B1, de los cuales 23 (38%) mostraron homología con genes previamente caracterizados. Este fago evidenció elevada similitud con los fagos clP1 (Pediococcus damnosus) y JL-1 (Lb. plantarum). Con respecto al fago B2, se detectaron 127 ORFs y untotal de 36 ORFs (28%) mostraron homologías con secuencias depositadas en bases de datos. Las similitudes correspondieron, principalmente, con genes de bacterias Gram positivas y sus fagos. Adicionalmente, para el fago B2 se identificaron 6 ARNt. En cuanto a la identificación de proteínas estructurales, para el fago B1 fueron asociadas 13 proteínas mientras que para el fago B2 fueron identificadas 9. La comparación genómica y proteómica de los escasos fagos de Lb. plantarum secuenciados demuestra una gran diversidad, posiblemente debida a los tan variados nichos ecológicos que los albergan.