Capacidad de dos técnicas de PCR para detectar los genes stx, análisis in silico.

GALLI L., ; LEOTTA G.A., ; GUGLIADA M.J., ; RIVAS M.

Pergamino, provincia de Buenos Aires

Congreso; XXXVI Congreso Argentino de Genética.; 2007

Escherichia coli productor de toxina Shiga es un patógeno emergente cuyo principal factor de virulencia son las toxinas Shiga (Stx). Estas toxinas se clasifican en 6 tipos (1, 2, 2c 2d, 2e y 2f) que agrupan a 22 variantes. En Argentina, se validaron dos técnicas de PCR para la detección de los genes stx, PCR-MK y PCR múltiple. Si bien estas PCR se utilizan de rutina, no se conoce cuáles son las variantes de stx que amplifican. El objetivo del trabajo fue analizar mediante el uso de herramientas bioinformáticas la capacidad de dichas técnicas para detectar las distintas variantes génicas de stx, y demostrar experimentalmente la amplificación de las variantes de mayor impacto en salud pública. Se recopilaron 25 secuencias nucleotídicas de la base de datos de GenBank correspondientes a 21 variantes de Stx. Mediante el programa BLAST 2 sequences se analizó la complementariedad de las bases nucleotídicas entre las secuencias de las variantes y las secuencias de los cebadores utilizados en las PCR estudiadas. La PCR-MK permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d y stx2f. Sin embargo, no permite detectar el tipo stx2e y algunas variantes del tipo 2c. La PCR múltiple permite detectar los tipos stx1, stx2, stx2c, stx2d, pero no los tipos stx2e y stx2f. La técnica de PCR múltiple detecta una mayor cantidad de variantes que la PCR-MK. En el presente trabajo se demostró que ambas técnicas de PCR son apropiadas para la detección de las variantes stx que producen enfermedad severa en humanos.