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El arroyo Garupá, afluente del río Paraná, ha sufrido modificaciones de escurrimiento por efecto del aumento del nivel del río y de la cota del embalse Yacyretá. El monitoreo de la composición, abundancia y distribución del ictioplancton, permite explorar la actividad reproductiva de las principales poblaciones de peces a los cambios producidos en este proceso de transformación ambiental. Este trabajo tiene como objetivo analizar la composición y abundancia del ictioplancton del Arroyo Garupá (Misiones). Para ello se tomaron muestras mediante el filtrado activo con red de ictioplancton desde septiembre 2016 a marzo 2017. Se identificaron 30 especies pertenecientes a 7 órdenes y 12 familias, en diversos estadios de desarrollo ontogenético. La mayor densidad de huevos se colecto entre diciembre y febrero. Los estadios de posflexión y juvenil presentaron bajas densidades, mientras que los demás estadios fueron frecuentes y abundantes en todas las colectas. Los resultados del ACP evidenciaron que los estadios iniciales están influenciados fuertemente por los valores de oxígeno disuelto del agua. Los órdenes más abundantes y frecuentes fueron Characiformes, Siluriformes y Perciformes. El índice de diversidad de Shannon-Wiener fue de 2,48 bits. Los taxones constantes según el índice de constancia de Dajoz, fueron Bryconamericus sp., Leporinus sp., L. grossidens, Pimelodus sp. y P. ternetzi. El arroyo Garupá se ha convertido en un nuevo sitio con características óptimas para el desove y cría de diversas especies de peces, muchas de ellas de importancia ecológica y económica. Las investigaciones sobre el ictioplancton del Arroyo Garupá contribuyen a la descripción de la composición y dinámica de la comunidad ictioplanctónica de cauces secundarios de la provincia, así como la utilización de nuevas áreas de reproducción de peces.