INIAB   27336
INSTITUTO DE INVESTIGACIONES AGROBIOTECNOLOGICAS
Unidad Ejecutora - UE
congresos y reuniones científicas
Título:
Análisis in silico de bacteriocinas tipo cola de fago producidas por Pseudomonas rizosféricas
Autor/es:
ASCONAPE, JORGE; FISCHER, SONIA; ANGELINI, JORGE; LÓPEZ-RAMÍREZ, VIVIANA; TRAVAGLIA, CLAUDIA
Lugar:
La Plata
Reunión:
Congreso; V Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental; 2021
Institución organizadora:
AAM
Resumen:
La rizósfera comprende gran diversidad y actividad microbiana. Una de las principales estrategias,usadas por algunas bacterias rizosféricas, para inhibir el crecimiento de otros microorganismos esla producción de bacteriocinas. En la actualidad, estos compuestos antimicrobianos tienen graninterés debido a su aplicación en diferentes áreas, incluida la agricultura, ya que se ha demostradoque algunas bacteriocinas son capaces de inhibir el crecimiento de bacterias fitopatógenas. Lasbacteriocinas tipo cola de fago (también llamadas tailocinas) presentan similitud con las colasretráctiles o flexibles de bacteriófagos de las familias Myoviridea y Siphoviridae, respectivamente.Gracias a la alta disponibilidad de genomas bacterianos secuenciados, la búsqueda in silico degenes es una estrategia de análisis genómico para predecir clusters completos de bacteriocinas. Elobjetivo de este trabajo es analizar los tipos de tailocinas presentes en el genoma de la cepa nativaPseudomonas fluorescens SF39a e identificar los genes estructurales de distintas tailocinas.El cluster biosintético de tailocinas en Pseudomonas spp. patógenas de humano se localiza entrelos genes trpE y trpG, mientras que en Pseudomonas spp. benéficas asociadas a plantas seencuentran entre los genes mutS y recA/recX. Este cluster varía en longitud y puede codificar de 1a 4 tailoicinas. Teniendo en cuenta esto, se realizó una búsqueda de los genes localizados entretrpE y trpG, o mutS y recA/recX en la base de datos del NCBI y se construyó una base propia conlos clusters de varias cepas de Pseudomonas spp. Las secuencias se analizaron con el algoritmode BLAST. El alineamiento de las secuencias y los árboles filogenéticos se realizaron con elalgoritmo clustal W. La búsqueda de fagos relacionados fue realizada usando las secuencias denucleótidos de cada uno de los genes estructurales de las tailocinas de la cepa P. fluorescens SF39ay comparadas para predecir si la bacteriocina tipo cola de fago era retráctil o flexible.Los resultados indican que P. fluorescens SF39a presenta en su genoma el cluster de dosbacteriocinas tipo cola de fago cuyos genes presentan identidad con bacteriófagos de la familiaMyoviridae, sugiriendo que la cepa produce dos tailocinas retráctiles. El cluster de la primeratailocina retráctil de la cepa SF39a posee 14 ORFs, mientras que la segunda tiene 16 ORFs. Ambastailocinas comparten los mismos genes de regulación y líticos. Por otro lado, las cepas dereferencias de Pseudomonas spp. rizosféricas analizadas en este trabajo también presentaron ensu genoma genes que codifican para una o dos tailocinas retráctiles; mientras que P. aeruginosaPAO1 (patógeno de humano) sintetiza una tailocina retráctil y otra flexible. Un análisis de genesortólogos más completo podría ayudar a comprender la distribución de estas bacteriocinas en lanaturaleza, en especial, en Pseudomonas benéficas asociadas a plantas.