Re-ensamblaje y anotación de la levadura psicrófila Naganishia vishniacii

MARTIN MOLINE; NICOLAS BELLORA; DIEGO LIBKIND; PAULA NIZOVOY

Mar del Plata

Congreso; IV Congreso Argentino de Microbiología Agrícola y Ambiental; 2018; 2018

División Agrícola y Ambiental (DiMAyA) y la Subcomisión de Microbiología General de la Asociación Argentina de Microbiología

Naganishia vishniacii es una levadura basidiomicética (orden Filobasidiales, clado albidus), que ha sido aislada únicamente en la región de los Valles Secos de las Tierras de Victoria (Antártida Occidental). N. vishniacii es un organismo poliextremófilo, capaz de crecer a muy bajas temperaturas (-3° C) y escasez de nutrientes. El estudio de las adaptaciones que permiten que estos organismos logren sobrevivir en nichos tan extremos revierte especial interés debido a su potencial aplicación en biotecnología, a la vez que permite abrir nuevas hipótesis respecto del origen de la vida y comprender la evolución de los distintos linajes de hongos y levaduras. Hoy en día, la secuenciación de genomas resulta fundamental a la hora de realizar este tipo de abordajes, y la obtención de un buen ensamblado y anotaciones de calidad son esenciales para estos estudios.En este trabajo se realizó el re-ensamblaje del genoma de N. vishniacii, en base al genoma y a los reads de secuenciación disponibles. Se realizó un ensamblado de novo ( coverage mediano 245.2X), que se utilizó para complementar la versión pre-existente ( coverage 146.X), logrando así resolver zonas previamente indefinidas y reducir la cantidad de scaffolds (7 unidades menos que en la versión borrador ) . Se obtuvo un genoma de 19.8-Mb, con un contenido de GC de 52.92%, constituido por 31 scaffolds ) (N 50 =1080 kpb). El contenido de GC estimado se contrastó con el de especies secuenciadas dentro del mismo orden, sin encontrarse una dependencia que permitiera correlacionar dicha característica con la capacidad de sobrevivir en ambientes fríos (mecanismo reportado en bacterias psicrófilas). La combinación de las predicciones génicas realizadas de novo , junto con las previamente disponibles permitió obtener 7362 genes putativos, sobre los cuales se realizó una búsqueda de genes de interés. A fin de caracterizar la especie y de generar anotaciones fidedignas, se anotaron y curaron manualmente 24 genes de mating , 46 genes de meiosis (30 de los cuales son parte del core que permite completar dicho proceso), 248 genes del core of eukaryotic (CEG) y un set de 20 genes relacionados con capacidades antioxidantes y fotoprotección. Se caracterizó el set completo de genes relacionados con la síntesis de carotenoides lo cual es destacable dado que se trata de una especie con coloración crema que no acumula carotenoides en cultivos de laboratorio (se evaluaron 4 condiciones: temperatura, radiación UV/PAR, fotoperíodo y daño oxidativo). Este nuevo material de partida permitirá ahondar en el estudio de las adaptaciones quedotan a N. vishniacii de su cualidad de poliextremófila.