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Capsicum annuum L. var Grossum sendt, es un pimiento originario de América del Sur y es Argentina el principal productor de la región. Este fruto con reconocidas propiedades beneficiosas para la salud humana es perecedero y sensible a las heladas. Esto hace interesante las investigaciones enfocadas a prolongar su vida en estante. Los métodos de preparación y conservación de alimentos a través del empleo de fermentaciones naturales utilizando microorganismos es una práctica en auge, ya que garantizan la conservación higiénica y la estabilidad comercial, como así también, mejoran la digestibilidad y el valor nutricional de los alimentos. En este sentido, las bacterias lácticas desempeñan un papel importante en la industria alimentaria debido a su capacidad de generar ácido láctico que evita el crecimiento de microorganismos patógenos, conservando los alimentos sin el agregado de conservantes sintéticos. Además, contribuyen a la mejora de las características organolépticas, son consideradas seguras (GRAS) por su bajo potencial patogénico, y pueden ejercer acciones beneficiosas para la salud permitiendo el diseño de alimentos funcionales del tipo prebióticos o probióticos. El primer paso para el diseño de estos alimentos es la selección de los cultivos iniciadores. Diseñar cultivos iniciadores con bacterias lácticas propias de la matriz a fermentar podría reducir costos y efectos no deseados al tratarse de microorganismos potencialmente ya adaptados al microclima del fruto. Por ello, este trabajo tuvo como objetivo aislar e identificar fenotípica y genotípicamente bacterias lácticas de frutos de Capsicum annuum L. var Grossum sendt. Para ello en primera instancia se llevó a cabo el aislamiento de las cepas lácticas recolectando pimientos en condiciones de asepsia. Posteriormente se tomaron muestras de lasuperficie y del interior de los pimientos como así también del tallo y las hojas de la planta utilizando un hisopo estéril embebido en medio MRS. Luego las muestras se sembraron en medio MRS sólido y se cultivaron en condiciones de microaerofilia durante 48 h a 37°C. Para caracterizarfenotípicamente se analizó la morfología de las colonias, se realizó tinción de Gram y evaluación dela enzima catalasa. La identificación genotípica de estas cepas preseleccionadas se realizó mediante la secuenciación del ARN ribosómico 16S. Para diferenciar cepas entre los aislamientos se realizó tipificación molecular mediante rep-PCR. Finalmente, se realizó un dendograma y se calculó el porcentaje de similitud entre los aislados. Como resultado, se seleccionaron 15 aislados Gram positivos, catalasa negativo y con características macroscópicas diferentes. Se observarondiferencias en cuanto a la morfología, agrupación, y tamaños. El análisis comparativo de lassecuencias obtenidas en las distintas bases de datos (BLAST, NCBI y RDP) permitió identificar 5géneros y 9 especies diferentes: Lactobacillus curvatus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillusbrevis, Lactobacillus sakei, Pediococcus acidilactici, Pediococcus pentasaceus Leuconostocmesenteroides, Weisella cibaria y Enterococcus casseliflavus. Finalmente se realizó un dendograma y se calculó el porcentaje de similitud de los aislados obteniéndose 11 grupos clonales. El aislamiento e identificación de estas cepas lácticas potencialmente probióticas permitirán la fermentación de pimientos por microbiota autóctona para producir un alimento funcional con elevada vida de estante.