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La banana (Musa spp.) es un híbrido de reproducción asexual. La selección de los mejores clones, en el corto plazo, se ve limitada por no disponer del número adecuado de repeticiones. Una estrategia es emplear el diseño aumentado, donde sólo los testigos tienen repeticiones. El objetivo fue caracterizar a los clones de banana con el fin de identificar la estructura de la variación fenotípica en cada población. Para cumplir con el objetivo propuesto se llevó a cabo un Análisis Factorial Múltiple Dual (AFMD), el cuál permite examinar la variabilidad de los datos cuando el mismo grupo de variables es observado en diferentes grupos de individuos. En 2016/17 se evaluaron 6 poblaciones de banana: una formada por 140 clones de origen genético desconocido (recolectados en campos de productores, y a partir de los cuáles se pretende seleccionar una variedad sintética), 4 formadas cada una por las variedades de uso internacional Jaffa, Gal, Gran Enanao y Williams, respectivamente (estas variedades se usaron como testigos) y una última formada por 10 clones no identificados que se usaron como ?relleno? del diseño aumentado. Dicho diseño se llevó a cabo en las instalaciones del Instituto de Investigación y Desarrollo Tecnológico para la Agricultura Familiar (I.P.A.F.). A estos grupos se les observó las mismas 11 características fenotípicas cuantitativas relacionadas con el rendimiento. Las correlaciones entre variables fueron diferentes en cada población para grosor de cáscara, cantidad de manos y cantidad de hojas; en cambio, mantuvieron su tendencia para las demás variables. A su vez, los clones ?de relleno?, como población, se manifestaron diferentes sobre la primera dimensión, cuando se representaron a los poblaciones de manera simultánea. A partir de la segunda dimensión se diferenciaron las demás poblacioness bajo estudio. Los dos primeros ejes del AFMD explican un 49,1% de la variabilidad total de los datos. La configuración consenso, donde se representaron a todos los individuos, consideró las diferentes estructuras poblacionales; sin embargo, los individuos no se ubicaron diferencialmente en el gráfico de acuerdo a la población a la que pertenecen (clones recolectados en campos de productores, variedades internacionales o clones ?de relleno?). A través del AFMD se pudo caracterizar las poblaciones de banana evaluadas en el diseño aumentado, concluyéndose que si bien cada una presenta diferentes estructuras de variación fenotípica, cuando se consideran los individuos que las componen la variabilidad presente es muy grande por lo que no se obtiene una clara diferenciación entre ellos y las poblaciones se superponen.