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El etanol ha sido obtenido por fermentación de diversos sustratos, principalmente de la melaza en la industria azucarera, aunque es posible obtenerlo de otras fuentes ricas en almidón o celulosa. Las principales responsables de la fermentación de estos sustratos son las levaduras como Saccharomyces cerevisiae, aunque existen estudios que demuestran producción de alcohol empleando bacterias como Zymomona mobilis (Vázquez y Dacosta, 2007). La melaza, se ha convertido en un sustrato de alto interés para la obtención de alcohol por medio de vías fermentativas debido a su bajo precio y a que es considerado como un subproducto de la fabricación del azúcar. La melaza está compuesta principalmente de diversos azúcares los cuales pueden ser fermentados por levaduras o bacterias, generando así un valor agregado para este subproducto y encontrando una fuente renovable de energía para frenar la crisis que se avecina por el uso del petróleo, puesto que esté es un recurso no renovable que tiende a agotarse rápidamente (Mancheno, 2004).Para que la melaza pueda ser utilizada para la alimentación en las cubas de fermentación debe ser diluida con agua hasta la concentración de azúcares reductores deseada. Por otra parte el agua también es empleada en la etapa de tratamiento ácido de las levaduras para ser incorporadas nuevamente a un nuevo proceso fermentativo.El agua es un insumo muy importante en el proceso de obtención de bioetanol, por lo tanto es necesario realizar los controles microbiológicos necesarios para asegurar una calidad de agua adecuada para este tipo de proceso industrial.Objetivo El objetivo del presente trabajo fue indicar la calidad microbiológica de aguas que se emplean en la industria alcoholera con el fin de concientizar que este insumo es un punto de contaminación del proceso de fermentación etanólica