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El herbicida glifosato es usado intensiva y extensivamente en Argentina como parte del paquete tecnológico: cultivos transgénicos y siembra directa. En la región pampeana, su persistencia en diferentes matrices ambientales, unido a su reciente recategorización como sustancia probablemente carcinogénica, refuerzan el interés por conocer su dinámica de degradación en el suelo y cómo esto impacta en las comunidades microbianas nativas. El objetivo de este trabajo fue evaluar la dinámica de degradación del glifosato en función de diferentes historiales de aplicación del producto y relacionar su impacto sobre las comunidades fúngicas presentes en el suelo. Para ello se realizó un ensayo a campo en dos suelos de Balcarce sin historial de aplicación del herbicida y con historial de aplicación (más de 10 años de explotación agrícola). En ambas situaciones (sin y con historial de aplicación) se diseñó un ensayo en bloques completos al azar con tres repeticiones; los tratamientos fueron: sin aplicación y con aplicación, a razón de 6 Lha-1 de Glifosato comercial (DuPont®). Se tomaron muestras de suelo de 0 a 5 cm de profundidad, el día anterior a la aplicación y los días 1, 3, 5, 8, 16, 24 y 32 posteriores y se cuantificaron las concentraciones de Glifosato y su metabolito AMPA mediante cromatografía líquida de ultra alta resolución acoplada a un espectrómetro de masa triplecuadrupolo (UHPLC MS/MS). Paralelamente se determinó la variabilidad de las poblaciones fúngicas mediante el análisis de polimorfismos conformacionales de única hebra (SSCP) de los productos provenientes de la amplificación de la región ITS1F-ITS4 del gen del ARN ribosomal 28S, a partir del ADN extraído del suelo. El Glifosato fue degradado mas rápidamente en el suelo con mayor historial de aplicación, disminuyendo a la mitad la concentración inicial en 5 días, mientras el suelo sin historial tardó 24 días. El AMPA fue detectado en las muestras y sus concentraciones aumentaron a lo largo del experimento, tendiendo a su acumulación en el suelo. Al comparar la variabilidad genética de las muestras iniciales en cada sitio, se observaron composiciones diferentes de las poblaciones fúngicas, mostrando más variabilidad el suelo sin aplicaciones previas del herbicida. En ambos sitios se observaron cambios temporales en los patrones de bandas de los suelos que recibieron el herbicida respecto a los controles, lo que fue corroborado mediante los análisis de similitud de las matrices de distancia generadas a partir de dichos patrones. Estos datos pueden indicar una adaptación de las comunidades fúngicas a la presión selectiva del Glifosato en el suelo y su degradación. Sin embargo, son necesarios estudios que integren además las características edáficas y factores abióticos para describir este complejo proceso.