Cromatografía sobre acetato de sodio, revelado con orto-toluidina del condritin, en dos muestras testigo y desconocido.

Muestras provistas por el contratante, en el IBBM se preparan soluciones acuosas para análisis cromatográfico.

Bioquímica y Biología Molecular

QUIMICA-ANALITICA

Qca.,Petroqca.y Carboqca.-Ind.Farmaceutica

condroitin sulfato
análisis cromatografia

Clonar fragmentos de ADN de interés, utilizando como material de partida ADN total o ADN derivado de RNA total, de organismos procariotas o eucariotas en vectores de clonado o expresión de conveniencia para el cliente.

Técnicas generales de manipulación de ácidos nucleicos químicas como enzimáticas. Reacción en cadena de la Polimerasa (PCR).

Ciclador térmico ` Bio-Rad PTC-100

Bioquímica y Biología Molecular

BIOLOGIA-BIOINGENIERIA, BIOTECNOLOGIA

Ciencia y cultura-Ciencia y tecnologia

Clonación
Servicio
Sistema de clonado
gen
Sistema de expresión

Determinación de virus fitopatógenos mediante técnicas serológicas y moleculares.

Técnicas serológicas (ELISA) y moleculares (RT- PCR, qRT-PCR, hibridación molecular).

Ciencias Agrarias

AGRONOMIA Y DASONOMIA-FITOPATOLOGIA

Proteccion agropecuaria-Varios

Virus - Fitopatógenos
Plantas
Enfermedades virales
Hortalizas, ornamentales, cítricos
Frutillas, arándanos

Transformación genética de diferentes variedades de cítricos con características de interés.

Técnicas de transformación genética de plantas mediada por Agrobacterium tumefaciens, cultivo in vitro de explantos transformados, regeneración de plántulas transgénicas, e injerto in vitro de las mismas. Chequeo de incorporación del transgen por técnica de PCR. Para la obtención de dicho producto biotecnológico se deben aplicar una serie de metodologías que se detallaran a continuación: - Introducción de la construcción genética de interés que puede contener secuencias que confieran a la planta resistencia a patógenos (virus, bacterias, hongos) o alguna otra característica de interés agronómico o industrial (aumento en los valores nutritivos, o proteínas de interés farmacéutico etc) en una cepa adecuada de la bacteria Agrobacterium tumefaciens que será la utilizada para transferirla al genoma de la planta seleccionada. Los clientes deberán proveer el cultivo de Agrobacterium conteniendo la construcción genética con el gen o los genes de interés. - Transformación, regeneración in vitro y selección de aquellos materiales efectivamente transformados. Para la selección esto se utiliza una resistencia a antibiótico incorporada en la construcción genética y observación de expresión de genes reporteros como GUS o GFP. - Microinjerto de brotes transformados en plántulas etioladas que servirán como pie para la planta transgénica. - Injerto en invernáculo y rusticación de las plantas transgénicas. - Chequeo de incorporación del transgen por la técnica de PCR.

Ciencias Agrarias

BIOLOGIA

Agropecuario

Citrus
Transgénicos
Resistencia a enfermedades
Proteínas terapéuticas

El servicio de identificación de especies microbianas por PCR es complementario al de identificación por MALDI-TOF MS, permitiendo la detección de regiones genómicas específicas de especie. El servicio incluye el diseño de cebadores específicos a partir de datos genómicos disponibles en bases de datos.

La extracción de DNA se realiza mediante lisis celular por alta temperatura y la adición de suspensión acuosa de resina al 6% Chelex-100 (BIO-RAD). La amplificación de regiones específicas del genoma se lleva a cabo empleando todos los reactivos necesarios para PCR incluidos los oligonucleótidos (primers) previamente diseñados. Las condiciones de ciclado dependen de los primers utilizados. Los productos de PCR son detectados mediante electroforesis en geles de agarosa al 0,8-1,5% utilizando buffer TBE 0,5X con la adición de 1 ?g/ml de bromuro de etidio (visualización por transiluminador UV).

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Medio terrestre

PCR
Diseño de cebadores
Identificación microbiana

La selección de microorganismos para ser utilizados como potenciales inoculantes de cultivos se propone como una alternativa al uso indiscriminado de pesticidas sintéticos. Dicha selección se basa en la capacidad de los microorganismos para aportar nutrientes a la planta como así también para protegerla del ataque de fitopatógenos a través de mecanismos antagónicos naturales.

El STAN consta de dos etapas que pueden solicitarse juntas o por separado: 1) el aislamiento de bacterias a partir de rizósfera, semillas, plántulas y/ filósfera; 2) la caracterización de bacterias mediante ensayos PGPR in vitro. En la primera etapa se procede a realizar diluciones seriadas en PBS a partir de las muestras tratadas (semillas, hojas y raíces desinfectadas; extracción de suelo rizosférico) que son sembradas en medio cultivo rico. Posteriormente, la selección in vitro consiste en evaluar cada una de las unidades formadoras de colonia obtenidas en la primera etapa, y que presenten una morfología diferencial, en medios de cultivo apropiados para evaluar diferentes características PGPR. Se evalúan en particular: capacidad de solubilizar fosfatos, producción de sideróforos, producción de ácido indol acético y/o análogos, y/o síntesis de enzimas líticas (quitinasas, proteasas, celulasas, pectinasas y amilasas).

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Medio terrestre

PGPR
Inoculante bacteriano
Producción de cultivos

La detección de secuencias genómicas repetitivas en genomas bacterianos por amplificación mediante PCR permite en muchos casos obtener un patrón de bandas característico de cepa (fingerprint genómico). Existen tres tipos principales de elementos repetitivos de DNA utilizados para genotipificación (REP, ERIC y BOX) posibilitando la diferenciación y/o certificación de cepas bacterianas tales como aquellas utilizadas en formulaciones de distintos productos biológicos (control de calidad).

La extracción de DNA se realiza mediante lisis celular por alta temperatura y adición de suspensión acuosa de resina al 6% Chelex-100 (BIO-RAD). La amplificación de regiones específicas del genoma se lleva a cabo empleando todos los reactivos necesarios para PCR y oligonucleótidos BOX A1R, ERC 1R/2 o REP 1R/2 según corresponda. Las condiciones de reacción incluyen un ciclo de activación inicial (95°C por 15 min), 35 ciclos de 94°C por 1 min, 53°C por 1 min y 72°C por 2,5 min y finalmente un ciclo de elongación final (72°C por 10 min). Los productos de PCR serán detectados mediante electroforesis en geles de agarosa al 0,8-1,5% utilizando buffer TBE 0,5X con la adición de 1 ?g/ml de bromuro de etidio (visualización por transiluminador UV).

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Medio terrestre

Genotipificación de cepas
DNA Fingerprinting
PCR

La secuenciación del gen conservado 16S rRNA permite identificar cepas procariotas a nivel de género y en algunos a casos a nivel de especie.

La extracción de DNA se realiza mediante lisis celular por alta temperatura y en algunos casos también por la adición de suspensión acuosa de resina al 6% Chelex-100 (BIO-RAD). Se amplifican fragmentos del gen 16S rDNA mediante el uso de los primers fD1/rD1 y/o Y1/Y2 los cuales generan amplicones de alrededor de 1500 y 600 pb, respectivamente. Los productos de PCR son purificados y secuenciados. El análisis de las lecturas obtenidas y su comparación con las depositadas en bases de datos son utilizadas para inferir cuando sea posible el género/especie del organismo autorizado.

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Medio terrestre

Secuenciación
Gen rRNA 16S
Identificación bacteriana

En los últimos años, la biotipificación microbiana por espectrometría de masa MALDI-TOF (MALDI-TOF MS) ha demostrado ser una herramienta de suma utilidad en la identificación de especies bacterianas y fúngicas provenientes de diferentes ambientes. Por ser una técnica rápida y de bajo costo es especialmente aplicable en estudios de comunidades microbianas, incluidos ensayos de predominancia y/o ocupación.

Los aislamientos/cepas recibidas serán procesados a fin de obtener el extracto proteico. El método de extracción consiste en un lavado de las células con etanol 70% y la posterior suspensión de las mismas en una solución de acetonitrilo y ácido fórmico 70%. Un pequeño volumen de la suspensión (1 ?L) es aplicado sobre una placa para el análisis de masas por MALDI y, una vez seca la muestra a temperatura ambiente, se adiciona sobre ella 1 uL de matriz (solución saturada de ácido alfa-ciano-4 hidroxicinámico en acetonitrilo: ácido trifluoroacético 50:2,5%). Los espectros de masas son obtenidos mediante el software FlexControl 3.3 en un rango de 2-20 KDa -detección de subunidades ribosomales y proteínas housekeeping principalmente- utilizando un espectrómetro de masas MALDI-TOF/TOF. La identificación microbiana se lleva a cabo ingresando los espectros de masas en el software MALDI Biotyper 3.1 (Bruker Daltonics) provisto de una base de datos de más de 5000 cepas de microorganismos y que emplea un valor de puntuación basado en el grado de coincidencia (relación m/z e intensidad) del espectro problema con un segundo espectro de referencia. De acuerdo con el valor de puntuación la identificación se establece a nivel de especie (2) o de género (1,7 -1,9).

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Medio terrestre

MALDI-TOF MS
Identificación microbiana
Comunidades microbianas

Se trata de un servicio de consultoría y asesoramiento integral en técnicas y procesos microbiológicos clásicos y modernos destinado a otros grupos de investigación o desarrollo, a instituciones públicas y/o privadas, empresas y a la comunidad en general. Los siguientes servicios se brindan: ? Capacitación y/o Perfeccionamiento de Personal. ? Se realizan auditorías y visitas para efectuar el diagnóstico de problemas operativos de base microbiológica en empresas.

Los cursos pueden diseñarse a medida de las necesidades particulares de cada caso y realizarse tanto en el ámbito del IBBM-CONICET-UNLP como en instituciones públicas o privadas que así lo requieran. Los módulos del curso están a cargo de Investigadores CONICET. Abarcan temas generales o específicos dentro de las siguientes áreas: Bioquímica, Microbiología celular y molecular y Fisiología microbiana en la era ómica. Según corresponda se brindan certificados de asistencia o aprobación.

Biología

BIOLOGIA

Prom.Gral.del Conoc.-Cs.Exactas y Naturales

Capacitación
Microbiología general y molecular
Agrobiotecnología
Biotecnología ambiental

Este servicio permite aislar especies bacterianas cultivables a partir de mezclas complejas, pudiendo aplicarse a muestras problema de diversos orígenes (ej. agroindustria). La obtención de aislamientos bacterianos puros (clonales) implica sucesivas separaciones de colonias en medio/s de crecimiento adecuado/s y en condiciones óptimas de esterilidad.

Adicionalmente, los aislamientos pueden ser luego analizados por MALDI-TOF (para identificación de género/especie [ST3071]) y por huella digital –PCR fingerprinting de ADN- (para caracterización a nivel cepa [ST3074]).

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Medio terrestre

AISLAMIENTO
CEPAS BACTERIANAS
MUESTRA COMPLEJA

El promedio de identidad en nucléotidos (ANI, por sus siglas en inglés) representa una medida de similitud genómica a nivel de secuencia entre las regiones codificantes de dos genomas. Estos análisis pueden realizarse entre múltiples genomas, pudiéndose incluir cepas de referencia u otras depositadas en bases de datos. Dependiendo del algoritmo bioinformático utilizado los resultados del ANI pueden presentarse en formato de tabla o en diagramas del tipo dendrograma.

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

No corresponde

IDENTIDAD NUCLEOTIDICA
GENOMAS BACTERIANOS

Se trata de un servicio de consultoría y asesoramiento integral en virus fitopatógenos de interés agrícola. El servicio tiene como objetivo asesorar/capacitar/perfeccionar a productores, técnicos y empresas en aspectos relacionados a la epidemiología de las enfermedades causadas por fitovirus, el agente causal, la transmisión (vectores), la profilaxis y prevención y las posibles estrategias de manejo.

Los cursos/capacitaciones/charlas pueden diseñarse a medida de las necesidades particulares de cada caso y realizarse tanto en el ámbito del IBBM-CONICET-UNLP como en instituciones públicas o privadas que así lo requieran. Los módulos del curso están a cargo de Investigadores CONICET.

Ciencias Agrarias

AGRONOMIA Y DASONOMIA-FITOPATOLOGIA

Sanidad vegetal

Virus fitopatógenos
Hortícolas
Vectores
Manejo integrado

El Stan se propone brindar el servicio de cuantificación mediante absorbancia de muestras de ADN, ARN (A260). Utiliza volúmenes muy pequeños de muestra (1 uL), evaluandose asimismo la calidad de la muestra tomando en cuenta las relaciones de absorbancias (260/280) y (260/230), como estimativo de la presencia de contaminantes en la misma.

NanoDrop

Bioquímica y Biología Molecular

BIOLOGIA-CELULAR Y MOLECULAR

Varios campos

NanoDrop
Cuantificación ADN y ARN
Absorbancia 260

Existen normativas estrictas para el control de calidad de los inoculantes para leguminosas en Argentina y las mismas establecen los parámetros deseables que deben cumplir los mismos en cuanto al mantenimiento de la viabilidad bacteriana y cómo debe testearse su capacidad para nodular la leguminosa huésped.

Mediante métodos microbiológicos se analiza la calidad del inoculante, pudiendo evaluar la posible presencia de contaminantes en el mismo y el número de bacterias viables. Asimismo, se ensaya su capacidad de nodulación en condiciones controladas.

Ciencias Agrarias

AGRONOMIA Y DASONOMIA-VARIAS

Produccion vegetal-Oleaginosos

Leguminosa
Rizobio
Bacterias viables
Nodulación

Detección de citrus psorosis virus por método moleculares en muestras vegetales

Técnicas moleculares de RT-PCR y RT-qPCR

Ciencias Agrarias

AGRONOMIA Y DASONOMIA-FITOPATOLOGIA

Sanidad vegetal-Prevencion

Psorosis
Plantas
Enfermedades virales
Cítricos
Citrus psorosis virus

Capacitación y/o perfeccionamiento de personal en técnicas y procesos microbiológicos, destinado a otros grupos de investigación o desarrollo, a instituciones públicas y/o privadas, empresas y a la comunidad en general. Se realizan visitas para efectuar el diagnóstico de problemas operativos de base microbiológica en empresas.

Los mismos serán dictados en el ámbito del IBBM-CONICET-UNLP o en instituciones públicas o privadas. Los docentes del curso son Investigadores CONICET y profesores de la Facultad de Ciencias Exactas de la UNLP. En base a las necesidades, los módulos abarcan las siguientes áreas: Bioquímica, Microbiología, Biología molecular, Ingeniería genética y Fisiología microbiana. Se contempla una introducción de tecnologías ómicas que permiten el estudio de los procesos bioquímicos que ocurren en los microorganismos (secuenciación masiva, genómica comparativa, proteómica y metabolómica).

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Prom.Gral.del Conoc.-Cs.Exactas y Naturales

Capacitación
Microbiología general
Agrobiotecnología
Biología molecular

La finalidad del servicio es la generación de un vector y/o virus recombinante considerando empresas y miembros de la comunidad académica como posibles adoptantes. Detalle: Clonado por Golden Gate para la obtención de plásmidos y/o baculovirus recombinantes que expresen 1 o más genes en sistemas eucariotas. Combinación de diferentes promotores con el gen de interés. Obtención del vector plasmídico o viral según corresponda. Secuenciación de la construcción final.

Técnicas de biología molecular (PCR, restricción/ligación, clonado por Golden Gate, electroforesis, secuenciación). Técnicas de biología celular y virología (Cultivo celular, transfección, infección, titulación). Se entregará al adoptante un informe detallado con los procesos desarrollados, la secuencia y el mapa de las construcciones obtenidas.

Bioquímica y Biología Molecular

BIOTECNOLOGIA

Varios campos

CLONADO
GOLDEN GATE
PLASMIDO
BACULOVIRUS

Purificación de ADN genómico de bacterias, a partir de cultivos puros, provistos por el contratante, mediante el empleo de Kit comerciales que otorgan una cantidad y grado de purificación adecuada.

1. Recepción de muestra, identificación de la cepa provista. 2. Preparación de cultivo en medio adecuado e incubación 24 h. 3. Cosecha de las bacterias por centrifugación. 4. Purificación del ADN genómico siguiendo las instrucciones del kit ad hoc. 5. Determinación de calidad y concentración del ADN obtenido. 6. Preparación de la muestra para ser enviada al solicitante, junto a la elaboración de planilla en la que se indica el procedimiento realizado y la calidad y cantidad obtenida. 7. Envío de la muestra por servicio adecuado.

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Sanidad animal

ADN genómico
Purificación

Se ofrece asesoramiento integral para el diseño de clonado y estrategia para la expresión de moléculas de interés (proteínas, principalmente) así como también para los insumos requeridos para el desarrollo del proyecto. Dirigido a instituciones públicas, privadas y el sector socio-productivo.

Teniendo en cuenta el proyecto en cuestión, se podrá brindar asesoramiento referido al análisis de bases de datos y herramientas bioinformáticas para el estudio in silico de genomas y diseño de construcciones recombinantes, criterios de elección de los sistemas de expresión para la obtención de distintas moléculas de interés, procedimientos y protocolos experimentales requeridos, asesoramiento sobre equipamiento e insumos/materiales necesarios, registro de datos y análisis de resultados.

Bioquímica y Biología Molecular

VARIAS CS. O ESPECIALIDADES MULTIDISCIPLINA

Varios campos

Asesoría
Biología Molecular
Ingeniería Genética
Biotecnología

Se brindará servicio de asesoramiento para poder obtener ADN genómico de muestras ambientales. Esto incluye: instrucción de la toma de muestra y conservación, elección de metodología adecuada para la purificación, asesoramiento para la determinación de calidad y cantidad de la muestra obtenida.

El contratante brindará información del origen de la muestra (sólido, líquido, fase acuosa o no). Se propondrá un protocolo para obtención de ADN genómico y determinación de cantidad y calidad del mismo.

Biología

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Varios campos

ADN genómico
purificación

A partir de muestras ambientales se realizará la purificación de ADN genómico y se determinará la identidad y cantidad relativa de microorganismos sulfato reductores presentes por qPCR

A partir de muestras ambientales se purificará ADN genómico. Estas muestras se analizarán por PCR en tiempo real para cuantificar el número de bacterias sulfato reductoras presentes en la muestra. Se elaborará y entregará un informe de resultados, el cual no posee carácter de certificación.

Ingeniería de Procesos

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Qca.,Petroqca.y Carboqca.-Petroquimica

Sulfato reductoras
qPCR

A partir de muestras ambientales se realizará la purificación de ADN genómico y se determinará la identidad y cantidad relativa de microorganismos presentes por secuenciación de 16S.

Las muestras de ADN genómicos obtenidas se analizarán en cuanto a su calidad y cantidad. Luego se prepararán para su secuenciación. Los resultados crudos se analizarán y se elaborará un informe de resultados, el cual no posee carácter de certificación.

Ingeniería de Procesos

BIOLOGIA-MICROBIOLOGIA

Qca.,Petroqca.y Carboqca.-Petroquimica

Microbioma
16S