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La alfalfa es una leguminosa forrajera de gran relevancia y su asociación simbiótica con el rizobio eficiente, Ensifer (Sinorhizobium) meliloti, se ve afectada en suelos ácidos. Hace algunos años se aislaron un grupo de rizobios, tolerantes a la acidez, muy competitivos para la nodulación de alfalfa, pero ineficientes en la fijación biológica de nitrógeno, presentando así características más parasíticas que simbióticas, que los convierten en un potencial factor riesgo al competir con E. meliloti. En este contexto, se torna relevante identificar los genes involucrados en la tolerancia a la acidez de estos rizobios y su rol en la simbiosis. Para abordarlo, se analizó el transcriptoma global de una cepa característica de estos rizobios, Rhizobium sp. LPU83, bajo condiciones de estrés ácido. Se realizó el secuenciamiento del transcriptoma, RNA-Seq, en una condición control (pH=7) y bajo una condición de estrés ácido. El secuenciamiento se realizó a través de la plataforma Illumina MiSeq y los datos obtenidos se analizaron con el programa ReadExplorer. Fueron identificados un total de 6523 genes, de los cuales 207 se encontraron expresados diferencialmente de manera significativa (p-value < 0.05 y un fold change de al menos 4), 76 fueron sobre-expresados en acidez y 131 reprimidos. El 33% de los genes expresados diferencialmente codifican para proteínas hipotéticas de función desconocida. Se realizó la asignación de funciones de los genes según la base de datos KEGG, observando que los genes reprimidos en acidez corresponden en su mayoría a genes que se encuentran involucrados en la evaluación del ambiente y adaptación al mismo, como por ejemplo, genes implicados en el sistema de secreción bacteriano. En menor proporción genes involucrados en el metabolismo energético, destacándose los implicados en el metabolismo del azufre; además de genes implicados en el procesamiento de la información genética; en el metabolismo de aminoácidos y en el metabolismo de carbohidratos; entre otros. Cabe destacar, que R. sp. LPU83 contiene un conjunto de plásmidos en su genoma, de los cuales uno de ellos, es un replicón accesorio conjugativo, pLPU83a. Se observó en este trabajo que todos los genes implicados en la transferencia conjugativa se encuentran reprimidos en acidez. Por otro lado, entre los genes sobre-expresados en acidez se encontraron, en mayor abundancia, genes involucrados en también en la evaluación y adaptación al ambiente, en particular, relacionados con el sistema de transporte de aminoácidos y fosfatos, y genes que codifican bombas/transportadores de eflujo. En menor proporción, se encontraron genes involucrados en procesos celulares; en la biosíntesis y metabolismo del glicano; y en el metabolismo energético, específicamente, genes implicados en la fosforilación oxidativa, entre otros. Los resultados obtenidos del transcriptoma diferencial son una primera herramienta para mejorar nuestro entendimiento de la tolerancia a la acidez en rizobios.