El uso de RNA-SEQ como herramienta para el estudio de la respuesta de la soja al ataque de chinches

GIACOMETTI R; SABLJIC I; PAGANO E. A ; ZAVALA J. A

Rosario

Simposio; Simposio de Genómica Funcional de Plantas; 2017

RNA-seq es una poderosa tecnología utilizada en el estudio del transcriptoma que convierte al RNA en millones de lecturas cortas a través de plataformas de secuenciación basadas en ?secuenciación por síntesis?. Experimentos con RNA-seq han demostrado que tanto las secuencias transcriptas como los niveles de expresión pueden variar significativamente según el tipo de célula, el estado de desarrollo y la condición biótica y abiótica. El objetivo de este trabajo fue analizar los niveles de expresión de los genes que se estimulan o deprimen en respuesta al tratamiento de herbivoría con chinches (Nezara viridula) en semillas de soja en estadio R6 de genotipos contrastantes. Para ello se extrajo el RNA total de las semillas tratadas y se secuenció en un equipo Illumina HiSeq 1500 (INDEAR). Se llevó a cabo una corrida de secuenciación rápida (2 lanes) generando lecturas tipo paired ends (PE) 2x100bp. Como genoma de referencia para el alineamiento de lecturas se usó la versión de Glycine max Wm82.a2.v1 (Phytozome) y se llevó a cabo utilizando Bowtie2 y Tophat. El mismo alineamiento se realizó con STAR para comparar los resultados de ambos mapeos. Para el conteo de los mapeos asignados en el genoma de referencia se utilizó HTSeq (Python package). Con el paquete DESeq2 (Bioconductor) se evaluó la similitud de las réplicas mediante un Análisis de Componentes Principales y se construyó un MA-plot. Finalmente, se realizó el análisis de expresión diferencial de genes expresados y se encontró una respuesta metabólica diferente entre los genotipos evaluados frente al tratamiento de herbivoría.