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La utilización de bacterias para controlar fitopatógenos del suelo es una alternativa viable, dentro de un esquema de manejo integrado, para reducir la contaminación ambiental. Sin embargo, el impacto de la introducción de un número elevado de bacterias a un ambiente natural necesita ser cuidadosamente evaluado. El objetivo del presente trabajo fue estudiar el efecto de un agente de control biológico, Bacillus amyloliquefaciens cepa BNM122, sobre el crecimiento, la nodulación, la micorrización y la comunidad bacteriana nativa de la rizosfera de soja (Glycine max L. Merr). Los tratamientos fueron: semillas sin tratar, tratadas con Thiram + Carbendazim (curasemilla) o inoculadas con BNM122. Todas las semillas fueron inoculadas a la siembra con un inoculante comercial de Bradyrhizobium japonicum. Las plantas crecieron 60 días en invernáculo, en macetas con suelo agrícola al que se adicionó una preparación de hongos micorrícicos (Gigaspora rosae y Glomus intrarradices). Se determinó el peso seco de la parte aérea y radical, y el número de nódulos. La intensidad de micorrización (M%) y la abundancia de arbúsculos (A%) en el sistema radical, se evaluó mediante tinción de estructuras fúngicas y cuantificación de las mismas por microscopía óptica. El efecto sobre la comunidad bacteriana se determinó por la predominancia (CD) de estrategas r o K, y sus perfiles fisiológicos (CLPP). Los datos de crecimiento, nodulación, micorrización y CD se analizaron estadísticamente mediante Análisis de la Varianza. Un Análisis de Componentes Principales (PCA) se utilizó para los datos derivados de los CLPP. No se observaron diferencias significativas en el peso seco de las plantas, ni en la nodulación entre los tratamientos con curasemilla o BNM122 y las plantas sin tratar. Los índices de micorrización, M% y A%, resultaron significativamente menores (α = 0,05) en las plantas tratadas con curasemilla que en las no tratadas o en las inoculadas con BNM122. La utilización de curasemilla determinó una predominancia de estrategas bacterianos de tipo r, de rápido crecimiento, que son característicos de ambientes más inestables. El índice CD fue 35,9 para el tratamiento con curasemilla y la diferencia con el control (29,14) fue estadísticamente significativa (α = 0,05). En las plantas tratadas con BNM122 la presencia de estrategas r, CD = 30,83, fue menor que con curasemilla e intermedia entre ese tratamiento y el control sin tratar, aunque las diferencias no fueron significativas. El análisis de PCA de los CLPP no originó agrupamientos bien definidos entre los tratamientos. Sin embargo, pudo observarse una mayor semejanza y una menor dispersión entre las plantas sin tratar y las tratadas con BNM122, sobre los dos ejes del ordenamiento.Estos resultados demuestran la menor perturbación de la estructura y de las funciones de la comunidad microbiana de la rizosfera de plantas de soja por la utilización de un agente bacteriano de biocontrol, en contraste con la aplicación de un fungicida químico.