Sobre el rendimiento de simulaciones de dinámica molecular para el estudio del espacio conformacional de moléculas de sacáridos

MARÍA L. ALEGRE; ALICIA H. JUBERT; REINALDO PIS DIEZ

Tandil

Congreso; XV Congreso Argentino de Fisicoquímica y Química Inorgánica; 2007

Asociación Argentina de Investigación Fisicoquímica

El espacio conformacional de la molécula de glucosa está formado por 729 posibles confórmeros,generados a partir de las distintas combinaciones probables para los seis ángulos diedros que semuestran en la Figura 1. El número de posibles conformaciones para disacáridos, por ejemplo,asciende a cerca de 500.000.Un análisis completo de esos espacios conformacionales requiere tiempos de cálculo demasiadograndes. Por otro lado, una simulación por dinámica molecular permite obtener dichasconformaciones con un tiempo de cálculo muchísimo menor. La desventaja de este método es que los resultados obtenidos son muy dependientes del campo de fuerza usado, en particular si son campos de fuerza de mecánica molecular, los cuales están construidos para una cierta familia de moléculas. Este problema puede resolverse en cierta medida usando un método semiempíricocomo campo de fuerzas.En este trabajo se demuestra que la dinámica molecular es una herramienta válida para generar elespacio conformacional de la molécula de glucosa. Para eso se realizaron simulaciones a distintastemperaturas usando el método semiempírico AM1 y los resultados se compararon con lasestructuras obtenidas por variación sistemática de los ángulos diedros, con el fin de comprobar que la dinámica molecular puede ser un buen punto de partida para el estudio de esta molécula, ymejor aún, de disacáridos y polisacáridos en general.