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Los marcadores moleculares del cromosoma X constituyen un material de gran interés para estudios de genética poblacional y forense, debido a su particular modo de herencia y a la baja tasa de mutación del cromosoma X en relación con otras regiones del genoma. Presentamos los resultados obtenidos para cinco X-STRs en poblaciones nativas sudamericanas de la región del Gran Chaco, la que abarca parte de Argentina, Bolivia y Paraguay. Se estudiaron tres poblaciones argentinas: Mocoví (N=35), Chorote (N=24), Wichí (N=44); y dos paraguayas: Lengua (N=38), Ayoreo (N=44). La distribución alélica fue siempre unimodal, pero los alelos modales no fueron coincidentes en todas las poblaciones. La heterocigosis media de las poblaciones estuvo entre 69% (Wichí) y 47% (Ayoreo), mientras que para los marcadores varió entre 68% (DXS7423) y 47% (DXS9898). Los Mocoví presentaron la mayor cantidad de alelos (25 alelos); en el otro extremo, Lengua y Ayoreo mostraron la menor variación alélica (18 y 19 alelos respectivamente). Un análisis de estructura poblacional mediante el programa STRUCTURE 2.1 (Pritchard et al. 2000) mostró tres agrupamientos de acuerdo con la distribución geográfica de las poblaciones: los Mocoví al sur del Gran Chaco, Chorote y Wichí en el centro y Lengua y Ayoreo en el Paraguay. La variabilidad de cada población es restringida en relación con la variabilidad total observada en el conjunto de Amerindios. No obstante, la pérdida de variabilidad por efecto de la deriva genética en estas poblaciones chaqueñas, es menos acentuada que para STRs autosómicos previamente analizados, resultando que los X-STRs son muy informativos en el estudio de estas poblaciones.