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La mayoría de los estudios sobre diversificación en el Neotrópico se han concentrado en la cuenca Amazónica, el norte de los Andes y la Selva Atlántica. Mucho menos se conoce sobre la diversificación en el cono sur de Sudamérica. Se estudiaron tres especies de aves con linajes intraespecíficos divergentes y con preferencias de hábitat y distribuciones geográficas muy diferentes que permiten analizar los procesos y factores postulados como responsables de la diversificación de la avifauna del cono sur: Vanellus chilensis (n=58), Pipraeidea bonariensis (n=43) y Thamnophilus ruficapillus (n=30). Se extrajo ADN de muestras de tejido fresco y se obtuvieron dos genes mitocondriales (COI y citocromo b) y secuencias genómicas mediante ddRADseq. Con el ADN mitocondrial se calcularon las distancias genéticas sin corregir entre pares de subespecies y dentro de cada una, se generaron redes de haplotipos (median joining) y árboles de Máxima Parsimonia (búsquedas heurísticas de 1000 RAS + TBR, bootstrap de 1000 pseudoréplicas de 100 RAS + TBR), se estudió la estructuración poblacional mediante AMOVAs (comparaciones de a pares por distancias sin corregir, significancias testeadas a partir de 2000 permutaciones al azar). Con la información genómica se analizó la variabilidad dentro de cada especie con PCAs y se asignaron los ejemplares a clusters genómicos con Structure (desde K=1 hasta K=4, guardando 10 réplicas para cada uno, 500000 iteraciones seguidas de un burn-in de 100000). Los resultados muestran que estas especies poseen alta variación intraespecífica, habiendo 2 linajes diferenciados en V. chilensis y 3 en P. bonariesis y T. ruficapillus (1,07%, 3,43% y 2,37% divergencia promedio entre subespecies, respectivamente). La marcada estructuración filogeográfica en las 3 especies muestra que los ciclos glaciales generaron una diferenciación entre el linaje patagónico y el resto de la distribución de V. chilensis, los Andes actuaron como barrera al flujo génico entre subespecies andinas en P. bonariensis y el corredor de vegetación abierta produjo una profunda divergencia entre las poblaciones de T. ruficapillus de la Selva Atlántica y los Andes. Los análisis genómicos evidenciaron un alto flujo génico entre las poblaciones de Patagonia y el resto de la distribución en V. chilensis. Estas especies se encuentran en una etapa temprana de diversificación y, en algunos casos, especiación. Las diferencias entre especies en los patrones filogeográficos y la concordancia con distintos factores de diversificación sustenta la visión actual que postula que los escenarios que han modelado la gran diversidad de la avifauna neotropical son variados.