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El orden Unionida representa el clado más diverso de bivalvos dulceacuícolas abarcando seis familias y alrededor de 800 especies, aunque muchas están en peligro a nivel mundial con disminuciones en la distribución y abundancia relacionadas con una variedad de factores: modificación del hábitat, degradación de la calidad del agua, cambio climático, introducción de especies exóticas, disminución de peces hospedadores y sobreexplotación. En Sudamérica el conocimiento general acerca de la taxonomía, distribución, y abundancia de las especies es incipiente, lo cual dificulta la categorización de su estado de conservación. En este sentido, se han propuesto una serie de acciones prioritarias para mejorar la evaluación de riesgo de las especies: detallar la distribución (actual y pasada), estudiar la dinámica poblacional y el ciclo de vida y mejorar nuestro conocimiento sobre la morfología y la genética para resolver la taxonomía. Este último punto juega un rol clave en la conservación de especies y la información filogenética moderna es un componente crítico de la biología de la conservación. Este trabajo tiene como objetivo obtener información de base sobre la distribución actual y las relaciones filogenéticas de uniónidos en base al gen COI en una zona particular de Sudamérica. Para ello se realizó un muestro en el Litoral argentino abarcando las subcuencas de los ríos Uruguay, Paraná y Paraguay. En arroyos poco profundos y costas de ríos se buscaron ejemplares manualmente o utilizando una pala y una zaranda para lavar los sedimentos, mientras que en zonas más profundas se tomaron muestras con la ayuda de dragas (de arrastre, Petersen y Eckmann). Los individuos recolectados se preservaron en alcohol 96% y fueron asignados taxonómicamente en base a caracteres morfológicos externos e internos de la concha. Luego se seleccionaron algunos individuos de manera tal de cubrir la variedad de formas encontradas y un amplio rango geográfico y se les extrajo una muestra de tejido para la extracción, amplificación y secuenciación del gen COI. Con estas secuencias se construyó un árbol de inferencia bayesiana para estudiar sus relaciones filogenéticas. Se obtuvieron 61 ejemplares (34 Hyriidae y 27 Mycetopodidae) en 6 de los 23 sitios inspeccionados. Los sitios con mayor abundancia y diversidad fueron el Arroyo Ayuí (34, Entre Ríos) y el Arroyo Timbó (18, Corrientes). Dentro de los Hyriidae se identificaron las especies Diplodon parallelopipedon (9), Castalia ambigua inflata (1) y Diplodon sp. (24). Entre los Mycetopodidae se identificaron las especies Anodontites trapezeus (10), A. trapesialis (7), A patagonicus (6), A. soleniforme (1), y Monocondylaea paraguayana (3). En cuanto a las relaciones filogenéticas entre los Mycetopodidae, el agrupamiento fue consistente con la identificación morfológica: M. paraguayana se ubica como clado hermano del género Anodontites, dentro del que A. trapezeus diverge de A. patagonicus y A. trapesialis. Estos últimos se ubican a muy poca distancia lo cual podría indicar una baja divergencia o diferencias haplotípicas poblacionales intraespecíficas. Dentro de los Hyriidae se obtuvieron 5 clados. el primero formado por Castalia ambigua inflata que se separa de Diplodon, dentro de los que D. parallelopipedon diverge del resto, lo cual parece confirmar su status de especie. El resto de los individuos de Diplodon, pese a no distinguirse morfológicamente, formaron tres clados. Esto remarca la dificultad para asignar especies mediante caracteres morfológicos y advierte sobre la posibilidad de que existan más especies que las reconocidas hasta le momento, lo cual conlleva un mayor riesgo de conservación. Este trabajo constituye el primer aporte en Argentina para la identificación molecular de los bivalvos dulceacuícolas nativos y espera servir como base para futuros estudios orientados a cumplir con las acciones prioritarias para la evaluación de riesgo de conservación de este grupo de especies.