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Scinax es el género más grande de ranas arborícolas neotropicales, con más de 120 especies conocidas, divididas en dos grandes clados: los clados de S. ruber and S. catharinae. El clado de S. catharinae incluye 48 especies ubicadas en los grupos de S. perpusillus y S. catharinae, mientras que el clado de S. ruber está compuesto por 73 especies, 12 de las cuales están incluidas en dos grupos de especies: S. rostratus y S. uruguayus restando más de 60 especies que actualmente no están ubicadas en ninguno de estos grupos. Aunque algunos trabajos han abordado filogenéticamente el género utilizando baja densidad de representantes, las relaciones filogenéticas entre sus especies siguen siendo poco entendidas. Con los objetivos de testear su monofília y la de sus clados y grupos hasta ahora propuestos, y explorar las relaciones entre sus especies, se realizó un análisis filogenetico de evidencia total. El análisis está basado en secuencias de genes mitocondriales y nucleares, complementado con secuencias de GenBank, y una matriz de más de 100 caracteres fenotípicos. En total, se incluyen 109 de las 121 especies conocidas actualmente en Scinax, y varias decenas de especies nuevas. La gran mayoría de las especies está representada por múltiples ejemplares, y más del 42% está representada también por topotipos. Sobre la base de los resultados, se evalúan las distintas propuestas taxonómicas que han sido aplicadas al grupo. Además, se discute la evolución de varios sistemas de caracteres y la diversidad de este grupo.