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Conocer el grado de diversidad y estructuración genética de las poblaciones es importante para evaluar su riesgo de extinción y desarrollar planes de manejo adecuados. En Argentina, existen más de 70 colonias de Otaria flavescens distribuidas a lo largo de su costa marítima. Sin embargo, los estudios genéticos realizados están centrados principalmente en colonias del norte y centro de Patagonia, prestando menor atención a las de Santa Cruz y Tierra del Fuego. Nuestro objetivo es analizar el grado de diversidad y estructuración genética de O. flavescens en colonias de la Provincia de Santa Cruz. Se muestrearon las colonias de Caleta Olivia, Monte Loayza, Isla Pingüino, San Julián y Monte León, obteniendo 37 muestras de tejido muscular y/o pelo. Para cada una se obtuvo una secuencia de 503 pb de la Región Control del ADN mitocondrial. Se calculó la diversidad haplotípica (H) y nucleotídica (π) de cada colonia, se realizó un Análisis de Varianza Molecular (AMOVA) y se construyó una Red Haplotípica. Se encontraron 16 haplotipos determinados por 9 sitios polimórficos. Losvalores de H fueron superiores a 0,7 en todas las colonias, π varió entre 0,006 en Caleta Olivia y Monte Loayza, y valores superiores a 0,012 en el resto. Los resultados del AMOVA fueron no significativos. La Red Haplotípica posee forma de estrella, con el haplotipo 2 en el centro, presente en todas las poblaciones y siendo el más frecuente. Los resultados obtenidos sugieren que las colonias analizadas conforman una única población no estructurada geográficamente que mantendría una diversidad genética alta, pudiendo deberse al gran número de individuos que habitan en la provincia de Santa Cruz y al intercambio genético hacia el norte y el sur. Este estudio permite caracterizar una zona novedosa, ayudando a comprender cuan diversas resultan las colonias de esta especie y como están estructuradas genéticamente.