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La pérdida de biodiversidad se ha convertido en una delas grandes amenazas del mundo actual. En este marco,reducir la pérdida de especies y ecosistemas requiere deestrategias de conservación conjuntas entre investigadores y gestores. One Plan Approach es una propuesta dela IUCN que sugiere considerar a todas las poblaciones deuna especie, dentro y fuera de su rango de distribución,bajo un mismo plan de manejo. Para unificar los manejosin situ y ex situ del yaguareté en Argentina, caracterizamospoblaciones silvestres y de cautiverio mediante datosmoleculares basados en secuencias de ADN mitocondrialy microsatélites. Estimamos las relaciones de parentescode todos los individuos cautivos, los comparamos con losdatos provistos por las distintas instituciones que los albergan y los analizamos en conjunto con los genotipos deanimales silvestres. El 44,93% de los parentescos reportados por instituciones fueron diferentes a los obtenidospor métodos moleculares. Por otro lado, todos los animales cautivos formaron un grupo genético diferenciado,con alelos y haplotipos únicos, independientemente desu origen geográfico. Además, los individuos silvestres delBosque Atlántico conformaron un grupo genético homogéneo y diferenciado de los individuos provenientes delChaco y las Yungas. La variabilidad genética de los yaguaretés silvestres y cautivos fue similar, y baja comparadacon otras poblaciones de la distribución. Nuestros resultados indican: 1) la necesidad de realizar estudios genéticossi se desea incluir individuos cautivos en estrategias desuplementación y reintroducción, 2) la importancia de losindividuos cautivos para conservar la variabilidad genética, ya que estos han retenido variantes no detectadas enlas poblaciones silvestres y 3) al momento de seleccionarparejas reproductoras, considerar no sólo el parentescosino también otros parámetros genéticos, tales como laendogamia poblacional e individual, los alelos únicos yraros y los haplotipos mitocondriales.