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Los humedales, como el río Paraná, son sistemas que se encuentran bajo constante amenaza debido a la contaminación, la deforestación, caza, pesca y otras actividades antropogénicas. Por esto la pérdida en la calidad del hábitat es una de las principales amenazas para la biodiversidad y en particular para las aves acuáticas. En el presente trabajo se comparó la composición de aves acuáticas en dos humedales del río Paraná con diferente estado de conservación, teniendo en cuenta la actividad cinegética de la región: 1) área protegida dentro del Parque nacional Pre-Delta, y 2) área no-protegida a zonas alejadas al parque. En cada una de estas áreas se ubicaron 11 puntos de conteo que fueron muestreados cada 45 días desde marzo de 2014 a febrero de 2016. Se comparó la composición del ensamble de aves acuáticas seleccionando 15 especies que sufren una alta presión de caza en la región, según la información obtenida mediante encuestas a pobladores del área. Se implementó un análisis multivariado de varianza (PERMANOVA) para evaluar si existieron diferencias en la composición de estas especies entre las dos áreas, y un análisis de especies indicadoras (ISA) para detectar que especies fueron más frecuentes y/o abundantes en cada una de las áreas. La composición del ensamble de aves acuáticas no difirió entre las áreas estudiadas (PERMANOVA: p= 0.34). Solamente dos especies (Podylimbus podiceps y Rollandia rolland; p?0.05) fueron más frecuentes y/o abundantes en el área no-protegida (ISA: p< 0.05 en los dos casos). Se concluye que los ensambles de aves cinegéticas no fueron más frecuentes y/o abundantes dentro del área protegida. Se discuten varios aspectos que pueden incidir en estos resultados tales como la alta heterogeneidad ambiental del sistema y la elevada movilidad del grupo que puede dificultar la detección de diferencias poblacionales debido a la actividad cinegética.