Coevolución en proteínas repetitivas

ESPADA, R; PARRA, RG; MORA, T; WALCZAK, AM; FERREIRO, DU

CABA

Conferencia; Latin American Conference on Mathematical Modeling of Biological Systems; 2015

CELFI-Datos

La secuencia de aminoácidos de proteínas naturales contiene la información sobre el plegado y el movimiento de las biomoléculas, definiendo el paisaje energético. Debido a las superposición de las restricciones del plegado (físicas) y funcionales (biológicas), junto al ruido inherente de la evolución, es difícil detectar cómo estos factores impactan en la secuencia primaria.Nosotros analizamos secuencias de diversas familias de proteínas repetitivas. En contraposición a las proteínas globulares, las proteínas repetitivas están constituidas por arreglos de aminoácidos similares dispuestos en tandem que generalmente se pliegan en estructuras extendidas, estabilizadas por interacciones en y entre las repeticiones (ver figura). La simplicidad aparente en su arquitectura sugiere que las propiedades de plegado de estos dominios (su estabilidad y cooperatividad) pueden ser derivadas a partir de una descripción microscópica del balance de términos energéticos de cada elemento y sus interacciones con sus vecinos cercanos.En este trabajo medimos las correlaciones de los alineamientos de repeticiones, cuantificadas mediante Información Directa (ID). Detectamos correlaciones espurias debidas a la naturaleza repetitiva de estas familias. Proponiendo una corrección adecuada mejoramos la identificación de pares de residuos que se encuentran interactuando en las estructuras resueltas experimentalmente. Este procedimiento puede ser utilizado para predecir estructuras tridimensionales de proteínas utilizando únicamente información de su secuencia, mediante simulaciones computacionales.Referencias:[1] Espada Rocío, et al, BMC Bioinformatics, 16:207 (2 Julio 2015)