Las dictaduras golpean a la ciencia argentina. Durante el gobierno de facto de Juan Carlos Onganía, el 29 de julio de 1966, se intervienen facultades y se reprime a autoridades, docentes y estudiantes que reclaman en defensa de la autonomía universitaria. Ello se da en el marco de lo que se conoce como “la noche de los bastones largos”. Posterior a ese hecho, acontece un éxodo masivo de científicos y científicas. Más adelante, en 1972, se produce uno de los episodios más terribles de la historia argentina: la Masacre de Trelew, el fusilamiento de presos/as políticos/as que intentan fugarse de la cárcel de Rawson.
Luego del golpe de Estado del 24 de marzo de 1976 y hasta 1981, el CONICET es intervenido por la Junta Militar al igual que el conjunto de las universidades nacionales y otras instituciones estatales. Para el Consejo significa el inicio de un período contradictorio, donde se desarrollan dos procesos simultáneos. Por un lado, se produce un fuerte disciplinamiento, control ideológico y la instalación de una dinámica autoritaria y deliberada en el manejo institucional. Por otro lado, ocurre un reordenamiento de los recursos presupuestarios a través de una transferencia desde las universidades nacionales hacia el CONICET, que provoca el desmantelamiento y desfinanciamiento de las primeras y la expansión del segundo, tendencia que se profundiza con la recepción del préstamo BID II destinado mayoritariamente a financiar el Programa de Creación de Centros Regionales en el CONICET.
Existen documentos que hablan sobre los y las integrantes del CONICET en el período. En ellos se registra a personas trabajadoras que fueron desaparecidas y/o asesinadas. Asimismo, se señala que cientos de agentes acudieron al exilio y que, en algunos casos, el Consejo tomó medidas explícitas de expulsión.
Con el advenimiento de la democracia, en el año 1983, la nueva gestión asume como prioritaria la recuperación de los objetivos y funciones de promoción esenciales para la consolidación de una política de desarrollo. Eso se traduce en la reapertura de la Carrera del Investigador Científico sin ningún tipo de restricciones. La democratización en el acceso la hace más competitiva, lo cual, unido a procesos de evaluación transparentes y de suma exigencia, elevan aún más el ya prestigioso nivel de la misma. En esta nueva coyuntura se produce, en el año 1984, un importante ingreso de nuevos/as investigadores/as que se mantiene en los siguientes períodos. Así, en 1986, los y las integrantes de la Carrera alcanzan el número de 2149 científicos/as.
El Consejo reconoció que tenía una deuda pendiente con las víctimas del terrorismo de Estado y con quienes fueron cesanteados/as, exonerados/as, exiliados/as, dados/as de baja y a quienes el gobierno militar les impidió continuar con sus investigaciones.
En la actualidad desde el CONICET son prioritarias las políticas de derechos humanos y se promueven acciones para favorecer los procesos de Memoria, Verdad y Justicia en el organismo. Así, se entregan legajos reparados y/o reconstruidos a familiares y allegados/as de integrantes del Consejo que fueron detenidos/as-desaparecidos/as y/o asesinados/as por el terrorismo de Estado. Por otra parte, a través de un convenio con Abuelas de Plaza de Mayo, se trabaja en la preservación, catalogación y difusión del patrimonio institucional de la asociación. Además, se establecen acuerdos con el Banco Nacional de Datos Genéticos que permiten que el CONICET contribuya a la recolección de material genético para el esclarecimiento de delitos de lesa humanidad.
Cabe destacar que, en relación a la Masacre de Trelew, una pericia de un investigador del CONICET aporta pruebas a la Justicia para la reconstrucción del hecho y para la posterior condena a los militares a cargo del operativo.
Por último, es relevante señalar que existen numerosos trabajos de investigadoras e investigadoras del Consejo que analizan aquellos años. En este marco, el proyecto Las islas desde el conocimiento recupera diferentes indagaciones enfocadas en la guerra de Malvinas.
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