En los 90, las reducciones presupuestarias son uno de los factores que hunden al CONICET en una de sus crisis más profundas. Se produce el cierre de centros e institutos. El estancamiento de la ya escasa masa crítica de investigadores/as, el aumento de la edad promedio (envejecimiento del sector) y la intensificación del éxodo del personal más calificado que genera el país son cuestiones que afectan significativamente el desarrollo de la Carrera del Investigador y de la ciencia y la tecnología en la Argentina.
El momento más delicado se da en 1994, cuando el entonces ministro de Economía de Argentina, Domingo Cavallo, manda a “lavar los platos” públicamente a una investigadora del CONICET ante los reclamos de mejores salarios.
Algunas notas periodísticas ponen en evidencia el nivel de conflictividad. El 7 de noviembre de 1999 en el diario La Nación se publica un artículo titulado: “EL FUTURO DEL CONICET Bajo pronóstico reservado”. Al año siguiente, el 6 de agosto del 2000, el mismo diario titula: “La segunda muerte de Houssay”, en referencia al intento de obturar la Carrera del Investigador Científico y Tecnológico. La situación se profundiza con el denominado “Plan Caputo”: un programa puesto en marcha por el entonces secretario de Estado, Dante Caputo, para “el financiamiento y organización del sistema de ciencia y técnica”, que implica una serie de cambios muy profundos. La complejidad de la propuesta y la falta de especificaciones concretas sobre su instrumentación provocan una preocupación aún mayor en la comunidad científica sobre el destino del CONICET. En lugar de un programa, muchos/as identifican en este documento solo un esquema preliminar de exclusión, que no cuenta con ningún tipo de consenso.
En 2001, al comienzo del nuevo siglo, ocurre una de las mayores crisis socioeconómicas de la historia argentina.
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