Utilización de Métodos de Secuenciación Masiva para aislar Marcadores Moleculares en cangrejos de agua dulce

CRAVERO, FIORELLA; VERGARA, ELIANA E.; CABRERA, JUAN M.; RUEDA, EVA C.; GIRI, FEDERICO; COLLINS, PABLO

Santa Fe

Simposio; 77° Reunión - 3er. Simposio Argentino de Ictiología; 2013

Universidad Nacional del Litoral - Fac. de Humanidades y Ciencias (UNL -FHUC) - Instituto Nacional de Limnología (INALI)

Los microsatélites, repeticiones de secuencia simple (SSR), son los marcadores moleculares más populares en los estudios de genética de poblaciones. Con las tecnologías de secuenciación de próxima generación (NGS), es posible identificar un gran número de loci-microsatélites de forma rápida y a un costo reducido en especies no modelo (Guichoux et al. 2011). Con el objetivo de aislar regiones microsatélites para continuar con estudios evolutivos se secuenció parcialmente el genoma de Aegla platensis y Zilchiopsis collastinensis, dos cangrejos de agua dulce para los cuales no existen marcadores de este tipo publicados hasta el momento. Se utilizó la tecnología 454 de Roche utilizando 1/4 de placa para cada genoma. Se realizó ensamblado de novo de los reads (secuencias obtenidas) con dos software diferentes (MIRA Y Velveth) para poder seleccionar de forma confiable los datos con los que trabajar. Una vez obtenidos los contigs (secuencia consenso) se los trató con el software de identificación de microsatélites MISA.Se desarrollaron herramientas bioinformáticas para la cuantificación de los SSRs y se diseñaron cebadores para amplificar estas repeticiones en una reacción de PCR, utilizando scripts en Perl, como módulos de interfaz para el intercambio de datos entre MISA y PRIMER3 (Rozen and Skaletsky, 1998). Los resultados muestran que se obtuvieron 13 marcadores nuevos de A. platensis y 60 de Z. collastinensis para evaluar su utilidad en estudios genéticopoblacionales.