Biopython para la anotación electrónica de proteínas.

[1] F. SPETALE, L. ANGELONE, E. TAPIA, P. BULACIO

Puerto Madryn

Conferencia; Conferencia internacional SciPyCon 2013; 2013

Facultad de Ingeniería UN de la Patagonia SJB

El tratamiento de problemas de biología molecular en forma sistemática conlleva la necesidad de diseñar soluciones informáticas para simular funciones a nivel molecular. Bajo este objetivo se crea Biopython1 como una asociación internacional de investigadores que aportan herramientas libres implementadas con Python. Dentro de Biopython se destacan el objeto fundamental Seq para representar secuencias, junto con un gran número de funciones para procesarlas. Además Biopython brinda interfaces comunes con herramientas bioinformáticas mundialmente usadas como BLAST, ExPASy, servicios PubMed entre otros, permitiendo la reutilzación y logrando de esta manera reducir el tiempo de desarrollo. En este trabajo mostramos el uso de Biopython para realizar funcionalidades dentro del proceso de anotación electrónica de proteínas. Brevemente, el proceso de anotación electrónica es la asignación por medio de un sistema informático, de uno o varios términos GO2 a una proteína. El proceso de anotación puede pensarse como un proceso de clasificación que requiere la consideración de las siguientes tareas: i) la preparación de los datos en  conjuntos de entrenamiento y prueba, y ii) el diseño de los clasificadores. En lo que sigue, describiremos algunos aspectos relacionados con los aportes de Biopython la tarea que precede a la clasificación.