MAMUSHKA: Un nuevo algoritmo para detectar motivos repetidos anidados

ROMERO JOSÉ; CARBALLIDO JESSICA; GARBUS INGRID,; ECHENIQUE VIVIANA; PONZONI IGNACIO

Bariloche

Congreso; XLIII Congreso Argentino de Genética/IV Reunión Regional SAG; 2014

La identificación de motivos anidados en secuencias genómicas es un problema computacional complejo. La detección de estos patrones es importante para descubrir elementos transponibles (TEs), que sufrieron inserciones, transcripciones incompletas, delecciones y mutaciones a través de su evolución. En particular, los elementos transponibles de clase I, que se caracterizan por ser los más abundantes en los genomas vegetales, constituyen bloques que pueden anidarse dentro de otros elementos de transposición, semejando las muñecas rusas. Existen diferentes metodologías para la identificación de TEs pero las mismas poseen limitaciones significativas para la detección de LTRs (Repeticiones Terminales Largas) anidados. Es por ello que se diseñó un algoritmo de novo, denominado Mamushka, que permite detectar motivos anidados, es decir motivos flanqueados por otro motivo, basado en la búsqueda exhaustiva de pares de motivos. Los patrones identificados por el algoritmo se agrupan y se muestran en tres categorías: 1) motivos dentro de otros motivos, 2) motivos flanqueados por otros motivos y 3) motivos largos. Mamushka fue probado utilizando secuencias transcriptómicas y genómicas de dos especies vegetales: Eragrostis curvula y Aegilops tauschii. Los experimentos muestran que el algoritmo desarrollado permite, efectivamente, encontrar TEs anidados. Estos resultados fueron validados utilizando el software RepeatMasker, demostrando la eficacia y utilidad del método desarrollado