Metaprep anclado para plantas: un método de alto rendimiento para estudios filogenómicos en múltiples linajes de plantas

GRANADOS MENDOZA C. ; LEMMON A. R.; SALAZAR G. A.; MAGALLÓN S.; FRAGOSO MARTÍNEZ I.; HERNÁNDEZ GUTIÉRREZ R.; VILLAFRANCO O.; ESPINO ORTEGA G.; HÁGSATER E.; DONADÍO S.; MORIARTY LEMMON E.; SAMAIN M. S.; WANKE S.

Quito

Congreso; XII Congreso Latinoamericano de Botánica; 2018

Asociación Latinoamericana de Botánica

Comprender las causas que subyacen la riqueza específica de algunos linajes es una pregunta de frontera que requiere la generación de hipótesis filogenéticas resueltas y fuertemente apoyadas. Actualmente existen varias estrategias que permiten secuenciar un gran número de loci altamente informativos para generar hipótesis filogenéticas sólidas. El enriquecimiento híbrido anclado (EHA) es una estrategia altamente eficiente basada en sondas para la captura de cientos de loci nucleares potencialmente informativos a distintas escalas taxonómicas. Recientemente se generó un kit de captura ?universal? para angiospermas, que ha sido rápida y exitosamente aplicado a los géneros Aristolochia (Aristolochiaceae), Protea (Proteaceae) y Salvia (Lamiaceae). Sin embargo, el costo de aplicar EHA resulta prohibitivo (200 USD/muestra) para muestreos grandes (p. ej. para linajes megadiversos), siendo la preparación de bibliotecas el paso limitante (ca. 40% del costo total). El MetaPrep Anclado para Plantas (MAP) es una ingeniosa solución a dicha limitante, en la cual las muestras de diferentes individuos son combinadas bajo un único índice (vs. índices individuales), reduciendo hasta en un 90% el costo de este paso. El éxito depende de distinguir con métodos bioinformáticos las lecturas de cada uno de los individuos combinados y para ello éstos deben tener una amplia divergencia evolutiva. Los objetivos del presente proyecto son el desarrollo y validación de MAP, así como evaluar su desempeño en una selección de especies pertenecientes a cinco linajes megadiversos y/o emblemáticos del Neotrópico, correspondientes a tres grupos altamente divergentes: Monocotiledóneas, Superasterides y Rosides. En nuestra fase experimental detectamos algunos factores (i.e. diferencias en el tamaño del genoma entre los individuos combinados y el esfuerzo de secuenciación necesario) que al ser optimizados podrían potencializar la aplicación de MAP a diversos linajes de angiospermas y servir como una metodología modelo a ser extendida a otros grupos de organismos.