Selección de un esquema optimizado de tipificación por secuenciación multilocus (MLST) para Trypanosoma cruzi

TOMASINI N, LAUTHIER JJ, YEO M, BASOMBRIO MA, DIOSQUE P

Rosario de Santa Fé

Encuentro; XXV Reunión Anual de la sociedad Argentina de Protozoología y Enfermedades Parasitarias; 2012

Tipificación por Secuenciación Multilocus (MLST) ha sido recientemente empleada en la caracterización de cepas yaislados de Trypanosoma cruzi. Hasta la fecha, dos esquemas basados en diferentes fragmentos de genes (loci) han sido propuestos. Sin embargo, dichos esquemas fueron analizados en diferentes paneles de cepas por lo que no pueden ser directamente comparados. El objetivo del siguiente trabajo fue determinar un esquema simplificado de tipificación apartir de los previamente propuestos. Para ello, se analizaron mediante la amplificación y secuenciación de fragmentos de ambos esquemas, 25 cepas de referencia de Trypanosoma cruzi, las cuales representan los seis DTUs descriptos para este parásito. El principal criterio fijado fue obtener un número mínimo de loci que permita realizar la asignación de DTU con un alto soporte estadístico y el máximo poder de resolución posible. Utilizando el software MLSTest 1.0 se analizaron secuencias de 17 loci para las cuales se evaluaron todas las combinaciones posibles entre ellos, para tamaños de set de 2 a 16 loci (más de 10000 combinaciones analizadas).Una combinación de cuatro fragmentos fue suficiente para realizar la asignación de DTU a cualquier cepa, con unalto valor de bootstrap (>95%). Dos fragmentos de genesde cada esquema resultaron seleccionados, estos fueron: glutathione-dependent peroxidase II (TcGPXII), mitocondrial peroxidase (TcMPX), Small GTP-binding protein Rab7(GTP), 3-Hidroxi-3-metilglutaril-CoA reductase (HMCOAR).Este esquema simplificado permite una clara diferenciación entre los DTU híbridos TcV y TcVI. Además, solo 3 de cualquiera de los 4 fragmentos son suficientes para realizar dicha asignación. Adicionalmente, se propone la incorporación deotro fragmento (RNA-binding protein-19 - RB19) al esquema cuando sea requerido obtener un mayor poder de resolución para TcV y TcVI.