Parametrización del sitio activo de la reductasa de nitrito que contiene cobre de o Sinorhizobium meliloti.

GOMEZ, MA C.; FERRONI, FELIX; BRONDINO, C; DALOSTO, S.D

Carlos Paz

Congreso; 97ª Reunión Nacional de la Asociación Física Argentina; 2012

Asociacion Fisica Argentina

Las reductasas de Nitrito (Nir) son enzimas que catalizan la reducción de NO− a NO en el ciclo biogeoquímico del nitrógeno. La enzima Nir que nos interesa tiene una estructura trimérica y contiene 2 cobres, uno del tipo 1 o (T1Cu o centro de cobre azul) y otro del tipo 2 (T2Cu o centro de cobre normal). T1Cu es el centro de transferencia electrónica y T2Cu es el centro catalítico. En esta comunicación describimos los detalles computacionales que usamos para parametrizar el sitio activo de la Nir de Sinorhizobium meliloti 2011 (SmNir), cuya estuctura cristalográfica no se conoce. Inicialmente, usamos la estructra homóloga 1SNRM de Alcaligenes faecalis como base para armar la estructura de SmNir y luego mediante la combinación de primeros principios (QM) y campode fuerza clásico (MM) conocida como métodos QM/MM optimizamos el sitio activo para obtener las constantes de fuerza interatómicas, las cargas que reproducen el potencial electrostático y detalles de la polarización de espín para cada sitio. Luego usamos esa parametrización para realizar estudios por din´mica molecular clásica de la estructura trimérica. Finalmente, presentamos como esperamos usar esa parametrización en futuros trabajos.