Análisis Bioinformático de las subunidades regulatorias y cataliticas de la proteína quinasa A de Mucor circinelloides

FERNÁNDEZ NÚÑEZ, L.; OCAMPO, J.; GIOINO, P; ROSSI, S; MORENO, S.

Universidad de Quilmes, Quilmes, Buenos Aires

Workshop; Workshop Biologia Computacional de Proteínas; 2009

Universidad Nacional de Quilmees

Estamos interesados en la Proteina quinasa A (PKA) (R2C2) del hongo zygomycete Mucor circinelloides. Recientemente, el genoma de este organismo fue secuenciado, y pudimos acceder a su base de datos. Buscamos posibles genes en esta base que codificaran para R y C, utilizando el programa BLAST y como templado una secuencia ya conocida de una subunidad C (pkaC) y de una subunidad R (pkaR) de M. circinelloides. Los resultados de mayor score fueron analizados con varios algoritmos para la predicción de genes y de intrones. Las secuencias y la posicion de intrones fueron alineadas (entre sí y con varias PKA de otros hongos y de mamíferos) y corregidas a mano. Quedaron así determinados 7 genes para pkaC y 4 para pkaR, aunque la pkaC previamente descripta posee una secuencia que nos hace pensar en ella como en una pseudokinasa. Los intrones fueron verificados por RT-PCR. Tres de las cuatro R fueron identificadas por MALDI-TOF en muestras de R purificada; mientras por ensayos de RT- PCR se observó que todas las subunidades C y R predichas se expresan en diferentes estadios del ciclo de vida del hongo. Es la primera vez que se describe un hongo con más de un gen de la subunidad R. Para investigar si esta era una caracteristica general de zygomycetes se buscaron posibles genes de R en otros dos genomas en progreso: Rhyzopus oryzae y Phycomyces blakeesleanus, y efectivamente tambien se predijeron 4 genes para R en cada especie.