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Los plastomas vegetales, conservados y de herencia uniparental, son usados para la reconstrucción filogenética a niveles taxonómicos superiores pero a niveles taxonómicos bajos (género, subgénero) pueden generar topografías no resueltas. Incluso el uso de genomas completos para estimar filogenias con alto nivel de soporte puede derivar en topologías sesgadas o incoherentes debido a un muestreo insuficiente o geográficamente desbalanceado de taxones e individuos. Analizamos la hipótesis de que la diversidad de los plastomas a distintos niveles taxonómicos refleja la historia biogeográfica de cada subgénero y los ciclos de hibridación entre taxones. Secuenciamos, ensamblamos y anotamos un plastoma de Nothofagus obliqua (subgénero Lophozonia) y once nuevos plastomas para el subgénero Nothofagus contemplando la diversidad de linajes intraespecíficos y especies de Patagonia Norte. Comparamos la estructura y la diversidad de marcadores de microsatélites (SSR) en los plastomas de Nothofagus. Realizamos reconstrucciones filogenéticas utilizando como grupo externo plastomas de 23 géneros de Fagales. Estudiamos y comparamos la variación genómica a distintos niveles jerárquicos mediante análisis AMOVA. Las cinco especies del subgénero Nothofagus tienen plastomas de tamaño y estructura similares. No detectamos reordenamientos significativos entre subgéneros pero el subgénero Lophozonia muestra mayor variación genética. El número y tipo de SSR varía entre especies y linajes intraespecíficos. Los análisis filogenéticos confirman la posición basal de Nothofagaceae entre las Fagales. El subgénero Nothofagus se organiza en dos clados monofiléticos, geográficamente estructurados y formados por individuos de especies diferentes. Las filogenias también reflejan una divergencia temprana de los linajes intraespecíficos y eventos recurrentes de captura de cloroplastos.

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