Areas hipervariables en cp-ADN - el inicio de un trabajo

AAGESEN, LONE

Buenos Aires, Argentina

Jornada; II Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía; 1999

Un análisis de la familia Alstroemeriaceae (los amancays) con énfasis en el género Alstroemeria basado únicamente en caracteres morfológicos se dificulta por la escasez de caracteres cualitativos. Un intento de agregar información proveniente de secuencias de ADN de los intrones del gen nuclear 5S, fracasó por falta de evolución concertada en esta área del ADN.- Otra opción es incluir secuencias provenientes del ADN de los cloroplastos. Los genes de cp-ADN tienen la ventaja de ser de una sola copia, caso contrario al de los genes del núcleo disponibles ara secuenciación. Mientras los intrones del 5S se conocen por ser muy variables al nivel de especies, secuencias provenientes de los cloroplastos tienen información apropiada para análisis de niveles filogenéticos más altos. De todas formas, secuencias próximas al gen rps16 fueron incluidas en el análisis, mejorando considerablemente el apoyo a nivel de géneros y familias. Sin embargo las secuencias incluidas contienen dos áreas hipervariables que inicialmente fueron excluidas del análisis por el problema de alineación. Queda la duda se estas áreas hipervariables contienen información a nivel de especies y/o si el nivel de ruido es tan alto que es imposible extraerla. La problemática puede extenderse a otros data-sets, por ejemplo secuencias de trn-L. Encontrar información al nivel de especies en cp-ADN sería conveniente debido a que es mucho más accesible de secuenciar tanto en tiempo como en costo comparado con los genes del núcleo. Análisis muy preliminares sobre dos data-sets (Altroemeriacae, morfología + rps16 con 4 alineamientos para áreas de gaps; Colletieae, morfología + trn-L con 1 alineamiento para áreas de gaps) sugieren que puede encontrase información al nivel de especies. En términos de decisividad (estimada a muy grosso modo) al agregar las áreas hipervariables las matrices empeoran y el fit reescalado de de los arboles encontrados baja (Alstroemeriaceae) o se mantiene constante (Colletieae). Además los resultados son más inestables – varían con diferentes valores de concavidad, algo que caso no sucede en las matrices excluyendo las áreas variables. En término de apoyo de grupos si las áreas hipervariables tienen información a nivel de especies es de esperar que al agregar esta información lo nodos internos más cercanos a las terminales aumenten su apoyo mientras que para nodos más profundos puedan disminuir. Lo apoyos fueron medidos vía bremer support, bremer support relativo y valores de jackkinfing. En general las suposiciones se cumplen, indicando que hay información en estas áreas y no solamente para los nodos mas dístales. Queda por definirse cual es el mejor tratamiento para las áreas en el momento de alienarlas y cuales son los métodos más adecuados para evaluar los resultados.