Alignment – the problem of establishing homologies in DNA sequences

AAGESEN, LONE

San Luis, Argentina

Congreso; XXIX Jornadas Argentinas de Botánica, XV Reunión Anual de la Sociedad Botánica de Chile; 2003

Sociedad Argentina de Botánica

El problema central de ánalisis filogenético basado en ADN es el alineamiento: cómo homologar los bases nucleotídas A, C, G y T en casos donde los segmentos de AND fueron modificados vía mutationes de longitud como las inserciones y las deleciones. Este tipo de mutaciones se presentan muy frecuentemente en secuencias de ADN no codificantes. Así, homologar por ejemplo una adenina (A) con otra adenina (A) en las secuenicas de ADN es, frequentemente, muy problemático, y diferentes hipótesis de homología (alineamientos) pueden resultar en diferentes hipótesis filogenéticas. Actualmente, este problema se enfrenta de distintas maneras: desde cladogramas generados a partir de alineamientos preparados a mano, hasta cladogramas generados vía distintos algoritmos de alineamientos altamente complejos sin intervención ninguna del investigador. Los alineamientos a mano son dificilmente objectovos y repetibles – ambas propiedades fundamentales en todas las rama de la ciencia. Aunque los algoritmos de alineamiento cumplen estas propiedades, manejan con dificltad las inserciones u deleciones especialemnte cuando dischos segmoentos abarcan varios nucleótidos. Se discuten aquí las ventajas y los problemas que se presentan cuando se utilizan los alineamientos generados vía algotitmos para la generación de filogeniaws moleculares.