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Las Especies Exóticas Invasoras han tomado mayor interés en los últimos años, no sólo por el daño a la biodiversidad, sino también porque constituyen buenos modelos de estudio para examinar rasgos asociados con la expansión. Para que las poblaciones se expandan, los individuos deben poseer rasgos relevantes que les permitan afrontar entornos novedosos y tienden a reforzar las respuestas de hormonas de estrés en comparación con las poblaciones más antiguas. El objetivo de este trabajo fue identificar la presencia de parásitos en dos poblaciones de conejo europeo (O.cuniculus) del noroeste de la Patagonia con períodos de residencia contrastantes y describir sus prevalencias: Bardas Blancas (> 45 años de residencia) y Reserva Natural Laguna de Llancanelo (RNLL, < 19 años de residencia). Se colectaron 22 muestras de heces frescas, 15 en RNLL (verano 2019= 8, otoño 2019= 7) y 7 en Bardas Blancas (verano 2019); las mismas se conservaron en solución formolada al 3,5% hasta su procesamiento en el laboratorio. Para el estudio coproparasitológico se utilizaron técnicas de flotación simple y de sedimentación fecal. Se detectaron ooquistes ovales con micrópilo atribuibles al género Eimeria. Las medidas promedio fueron 31,4 μm (DE= 2,54) x 21,6μm (DE= 2,52). La prevalencia durante verano en Bardas Blancas fue de 14,3% (±25,9), mientras que en RNLL las prevalencias para verano y otoño fueron de 62,5% (±33,5) y 28,6% (±33,5) respectivamente. Ambas poblaciones de conejos arrojaron cargas bajas de ooquistes, pero la prevalencia fue mayor en la población cuyo frente de invasión es más reciente. Entornos novedosos como el frente de invasión representan escenarios estresantes que podrían comprometer la respuesta inmunológica, favoreciendo mayores proporciones de animales parasitados.