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En este trabajo presentamos el desarrollo de las investigaciones arqueobotánicas, vinculadas a la etnobotánica, realizadas en Antofagasta de la Sierra, Puna Sur Argentina. El área presenta características ambientales óptimas para este tipo de estudios debido a que su clima árido permite la perfecta conservación de restos vegetales. El análisis del registro arqueobotánico (ca.10.000-400 años AP) permitió observar la transición entre la recolección de plantas y la agricultura incipiente. Los estudios etnobotánicos se integraron con la finalidad de dar respuesta acerca del uso de las plantas durante este lapso. El objetivo es ofrecer un panorama y a la vez una síntesis que refleje el desarrollo de la arqueobotánica y los aportes de la información etnobotánica en este sector de la Puna. En 1982 un grupo de antropólogos del INAPL retoma la idea del Dr. Cigliano, quien había visitado el área en 1972, de realizar un estudio interdisciplinario en Antofagasta de la Sierra. El objetivo fue evaluar la potencialidad arqueológica de la región e intentar establecer el proceso regional. La arqueobotánica y la etnobotánica se integraron años después contribuyendo a esta meta a través del tratamiento de diferentes tipos de restos vegetales y de la aplicación de métodos y técnicas innovadoras.