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Los ambientes templados de la planicie de inundación del Paraná medio son muy dinámicos, espacial y temporalmente. Los peces deben reaccionar a cambios estacionales de temperatura, a variaciones en el nivel hidrométrico y a la geomorfología del valle de forma constante. Varios trabajos han intentado dilucidar cómo responden los ensambles de peces a estos cambios, sin embargo son escasos los estudios que incorporan un seguimiento temporal fino a largo plazo. En el presente trabajo evaluamos los factores ambientales que afectan la estructura de los ensambles de peces en dos sistemas río-laguna a lo largo de dos periodos anuales consecutivos. Se realizaron muestreos bimestrales con baterías de redes agalleras de diferente abertura de malla. El análisis de correspondencia (CA) mostró que los ensambles de peces de los diferentes ambientes siguen trayectorias de variación paralelas y muestran una estructura recurrente para cada periodo del año. La estacionalidad climática mostró ser el principal factor que dirige los cambios en la estructura comunitaria, diferenciando claramente ensambles de invierno y de verano. Estas diferencias se deben principalmente a cambios en la abundancia de varias especies migratorias. Por otro lado, los cambios en el nivel hidrométrico solo fueron evidentes durante la conexión de los ambientes leníticos, incrementando su similitud con los cuerpos lóticos durante el periodo de aguas altas. En el mismo sentido, el análisis de correspondencia canónica mostró que la temperatura es el factor que mejor explica los cambios estacionales en la estructura de los ensambles, seguida por la conductividad eléctrica y la transparencia. Este estudio apoya la hipótesis que en los ríos subtropicales y templados, la estacionalidad térmica constituye una variable clave en la determinación de los cambios temporales en la composición de especies, mientras que el nivel hidrométrico fomentaría la dispersión sobre el eje longitudinal y transversal del río.