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En Argentina el monitoreo de los sistemas acuáticos no es común siendo la contaminación y las alteraciones antrópicas un fenómeno creciente e insuficientemente estudiado. El objetivo de este trabajo fue conocer las variaciones en la calidad ecológica de un arroyo periurbano de Entre Ríos debido a la contaminación difusa usando el fitoplancton como indicador. Se tomaron muestras durante 12 meses de fitoplancton y diferentes variables fisicoquímicas en tres sitios de muestreo: S1 (sumidero de contaminación agrícola), S2 (cloacal e industrial), S3 (libre de fuentes de contaminación). El fitoplancton fue clasificado según los grupos funcionales (codones) de Reynolds. Se calculó el índice Q(r) de Borics para conocer la calidad ecológica del arroyo y se aplicó el índice de Kothé (I) para conocer el efecto de la contaminación sobre la riqueza funcional. Para conocer las variables predictoras de Q(r) se aplicó un modelo lineal generalizado (GLM) y se realizó además un análisis de componentes principales (PCA). Se identificaron un total de 26 codones, siendo los más representado (>75%) aquellos que son indicadores de aguas turbias y mezcladas, de contaminación orgánica y eutrofia. El índice Q(r) mostró valores de calidad entre tolerable y bueno mejorando ocasionalmente hacia S3. El índice de Kothé no mostró un efecto de pérdida de codones. El análisis de GLM (F=3,3 P=0,002) mostró que el caudal (relación negativa), la profundidad de la sección y la profundidad de la zona fótica (ambas con relación positiva) fueron las variables predictoras. El análisis de PCA (48% de explicación) indicó que los meses de baja calidad ambiental tuvieron mayores concentraciones de nutrientes, conductividad y temperatura. El análisis por codones, el índice Qr y el PCA indican que el arroyo se encuentra eutrofizado, reduce su calidad ambiental en los meses más cálidos y está sometido a contaminación orgánica teniendo una baja capacidad de autodepuración.