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En las últimas décadas se ha incrementado la necesidad de comprender el funcionamiento de los ecosistemas debido a su rápida degradación. En este contexto, comprender el funcionamiento de llanuras aluviales en relación a su dinámica de pulso es una prioridad, no solo por su importancia, sino también porque actualmente están entre los humedales más amenazados. El presente estudio tuvo por objetivo analizar cómo el pulso de inundación induce cambios en las relaciones tróficas de los invertebrados bentónicos en lagunas de llanura aluvial. Para tales fines analizamos proporciones de isótopos estables (13C y 15N) en dos lagunas de la llanura aluvial del río Paraná Medio con diferentes características (área, profundidad, conectividad y tamaño relativo de la zona inundable) durante aguas altas y bajas. Nuestros resultados indican que la amplitud de nicho isotópico de los invertebrados bentónicos no cambia entre fases hidrológicas. No obstante, en la laguna pequeña, somera y con una amplia zona de inundación los valores de 13C y 15N de los invertebrados presentan un desplazamiento significativamente direccional desde aguas bajas a aguas altas y, consecuentemente, una segregación de nichos isotópicos. Estos cambios no son causados por un desplazamiento de los valores isotópicos de las fuentes sino por un cambio en la importancia relativa de las mismas. Las macrófitas presentan una mayor importancia durante la fase de aguas altas debido a su gran abundancia en la zona de inundación, mientras que la importancia del seston disminuyó. Estos cambios son mucho más pronunciados en la laguna pequeña, somera y de amplia zona de inundación. De esta manera,concluimos que el pulso de inundación induce cambios en las relaciones tróficas de los invertebrados bentónicos de las lagunas de la llanura aluvial y que, la magnitud de estos cambios depende de las características locales de cada laguna y su área de inundación.