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Blastocerus dichotomus es una especie nativa catalogada por la IUCN como vulnerable. Elestudio de la estructura genética de sus poblaciones es fundamental para describir posiblessituaciones de fragmentación, aislamiento y endogamia que amenacen la subsistencia de lasmismas a largo plazo. Se utilizaron muestras de tejido de dos individuos, uno del Delta delParaná y otro de Porto Primavera (sur de Brasil), para hacer una secuenciación parcial de susgenomas por NGS. Se armaron las bibliotecas genómicas que constaron de las siguientesetapas: sonicación del ADN, reparación de extremos rotos, adenilación de extremos 3?, ligaciónde adaptadores, validación de la biblioteca y normalización de las muestras. La secuenciación serealizó en un NextSeq de Illumina, con reads de 250 pb y fragmentos de tamaño promedio 950pb. Se obtuvieron 35 millones de reads (9GB de datos). Se realizó un ensamble de los reads acontigs. Los datos obtenidos corresponden a aproximadamente el 5% del genoma nuclear. Loscontigs del individuo del Delta fueron analizados con el programa MSATCOMMANDER enbúsqueda de repeticiones en tándem. Se encontraron 8100 contigs con estas características.Luego, con el mismo programa, se diseñaron primers en las zonas flanqueantes seteandoparámetros restrictivos. Se obtuvieron 419 pares de primers específicos para la especie, loscuales se blastearon contra los contigs del Delta y de Porto Primavera mediante Geneious. Estascorridas, al compararlas entre ambos individuos, revelaron la presencia de 76 marcadorespolimórficos. El testeo de dichos pares de primers en el laboratorio dará lugar a un valioso setde microsatélites que permitirá estudiar la estructura genética en diferentes poblaciones delciervo del pantano, con prioridad de la población del Delta del Paraná, la cual se encuentrasubdividida en tres núcleos y fue considerada como en peligro por el Libro Rojo de Mamíferosde Argentina.