Múltiples sistemas de defensa antiviral componen el arsenal defensivo de Rhodococcus sp. cepa ADH, una bacteria antártica degradadora de hidrocarburos

NICOLÁS NAPOLITANO; CECILIA QUIROGA; WALTER MAC CORMACK; JOSE LUIS LOPEZ

Jornada; Segundas Jornadas Latinoamericanas de Bacteriófagos.; 2022

Este trabajo estudia la coevolución virus-hospedador de Rhodococcus sp. cepa ADH y un profago que la parasita. Rhodococcus sp. cepa ADH es una bacteria psicotolerante, aislada de suelo antártico contaminado con hidrocarburos en la base Carlini, Antártida. Esta cepa es degradadora de hidrocarburos. El análisis in silico de Rhodococcus sp. cepa ADH, utilizando ACLAME Prophinder, reveló la existencia de un profago en el contigo 10 (accesión LJIS01000120.1). Además, se detectó un sistema CRISPR-Cas de tipo IVB, utilizando CRISPRCas Typer en el contigo 38 (acceso, LJIS01000092.1).Dado que la función biológica de CRISPR Cas tipo IV-B es controversial la hipótesis de trabajo fue, si existe un profago en Rhodococcus sp. cepa ADH, la bacteria debe tener un sistema adicional de defensa contra las infecciones virales. Entonces, ¿qué tipos de sistema de defensa antiviral posee Rhodococcus sp. cepa ADH?Para el análisis in silico de los sistemas de defensa antiviral presentes en el genoma Rhodococcus sp. cepa ADH se utilizaron los programas bioinformáticos en línea PADLOC y-4Defense Finder. Los genes identificados fueron seleccionados con E values < 10 . y porcentajesde cobertura >60 %.Los dos programas identificaron genes asociados con sistemas de defensa antiviral en el genoma de la cepa ADH. Además del sistema CRISPRCas Tipo IV-B, ambos programas detectaron un sistema Hachiman tipo I en el mismo contigo; también ambos programas detectaron un sistema Wadjet en el contigo 20 (acceso LJIS01000110.1). Adicionalmente, solo el programa Defense Finder también identificó un sistema Rosmer en el contigo 51 (acceso LJIS01000079.1), un sistema AbiEii en el contigo 46 (acceso LJIS01000084.1), un sistema RM tipo III en el contigo 31 (acceso AFXZ01000099) y un sistema DISARM en el contigo 10 (accesión LJIS01000120.1). Por otro lado, el programa PADLOC identificó un retrón en el contigo 24 (acceso AFXZ01000106.1), un sistema dGTPasa en el contigo 14 (acceso AFXZ01000116.1), un sistema RM Tipo IIG en el contig 10 (accesión LJIS01000120.1) y un sistema RM tipo II en el contigo 2 (acceso AFXZ01000128). El rango de los E value de lasExisten múltiples tipos de sistemas de defensa en el genoma de la cepa ADH, sumados al CRISPRCas Tipo IV-B. La co-localización de CRISPR Cas IV-B en el mismo contigo con Hachiman tipo 1 sugiere la existencia de una isla de defensa. Notoriamente, el sistema RM Tipo IIG del contigo 10 colocaliza con el profago previamente descrito. Este hecho sugiere que los fagos efectivamente son vehículo de los propios sistemas de defensa. En el mismo contigo 10, a su vez, se localiza un sistema DISARM. Finalmente, los resultados muestran islas de defensa antiviral en ADH que le permiten evolucionar frente a infecciones por fagos en el ambiente polucionado por hidrocarburos del que fue aislada.