Desarrollo de marcadores moleculares microsatélites para Trichloris crinita, una gramínea forrajera del Monte argentino

KOZUB, C.; CAVAGNARO, P. F.; CAVAGNARO, J. B.

San Juan

Congreso; 2da Reunión Conjunta de Sociedades de Biología de la Republica Argentina; 2011

Sociedades de Biología de la Republica Argentina

Trichloris crinita (Poaceae, Chloridoideae), es una de las gramíneas forrajeras C4 más importantes de la región fitogeográfica del Monte debido a su buena calidad forrajera, su extensa área de distribución y su resistencia a sequía. Estudios previos en una colección de 24 accesiones de T. crinita demostraron marcadas diferencias a nivel fisiológico, morfológico y de productividad forrajera, con variaciones para esta ultima de hasta 10 veces, considerando los genotipos de mayor y menor productividad. El conocimiento de las bases genéticas que condicionan estos caracteres y su eventual manipulación contribuirían al uso racional y optimo de las pasturas forrajeras nativas del Monte. Sin embargo, los estudios para generar dicho conocimiento requieren de herramientas moleculares que, hasta la fecha, no están disponibles en esta especie. La disponibilidad de marcadores moleculares basados en PCR, robustos y codominantes, como los microsatélites o SSR (Simple Sequence Repeats), permitiría asistir en el manejo de bancos de germoplasma, programas de mejoramiento y estudios genéticos de Trichloris. Con el objetivo de desarrollar marcadores SSRs para esta especie, se buscaron –mediante herramientas bioinformáticas- secuencias microsatélites en 25.416 secuencias de ADN (correspondientes a ~14 Mbp de ADN) disponibles en NCBI (National Center for Biotechnology Information) de especies cercanamente emparentadas a Trichloris, principalmente de los géneros Chloris, Cynodon y Eleusine, todas especies de la misma tribu (Cynodonteae) y sub-tribu (Eleusininae) que Trichloris. En total se detectaron 5072 secuencias microsatélites con un mínimo 12 nucleótidos y 3 repeticiones del motivo basico. Entre los SSRs detectados predominaron los trinucleotidos (51%), dinucleotidos (~25%) y tetranucleótidos (16%), correspondiendo a penta y hexanucleotidos menos del 8% del total. Sin embargo, cuando se analizaron por separado secuencias genómicas y las de ESTs (Expressed Sequence Tag) se observó predominancia de dinucleótidos (63%) en las primeras y de trinucleótidos (61%) en los transcriptos. Se seleccionaron 100 SSRs que presentaban mayor número de unidades repetitivas, a partir de cuyas secuencias se diseñaron cebadores que se evaluaron en reacciones de PCR con ADN de Trichloris crinita y separación por electroforesis en gel de agarosa. Resultados preliminares indican que una fracción significativa de los marcadores SSRs desarrollados son transferibles a Trichloris crinita.