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En la Región Oriental del Paraguay se encuentran los humedales del Complejo Ypoá, declarados como sitio RAMSAR y categorizados como Reserva de Recursos Manejados. Pese a estas categorías de protección, su biodiversidad ha sido escasamente estudiada. El objetivo de este trabajo fue determinar la riqueza, composición y abundancia de anuros y reptiles de estos humedales (diversidad alfa y gamma), cuantificar la diferencia en la composición de especies entre los sitios de muestreo (diversidad beta) y evaluar la variación temporal en la riqueza de especies en relación a variables climáticas. Se seleccionaron tres sitios de muestreo y se realizó un esfuerzo de muestreo de 45 días. La detección de herpetozoos se realizó a través de búsquedas activas asociadas a listas MacKinnon en el caso de anuros, instalación de trampas pozo con cercos de conducción y redes de embudo acuáticas. Los datos de precipitación, humedad y temperatura mensual se obtuvieron del Centro Meteorológico Nacional. Se identificaron 32 especies de anuros y 21 de reptiles a escala regional en los humedales del Ypoá. El sitio con mayor riqueza de especies de anuros fue Quiindy (27 especies), y para reptiles, Carapeguá (10 especies). Las curvas de acumulación y los estimadores de riqueza indicaron que a mayor esfuerzo de muestreo se seguirán registrando especies de reptiles, sin embargo, en el caso de los anuros, el muestreo fue suficiente para caracterizar el 89 % de la riqueza de este ensamble. La similitud en la composición de anuros entre los sitios varía entre 0.571?0.708, y entre reptiles 0.071?0.182. Menos de un tercio de las especies registradas fueron clasificadas como abundantes en los humedales, incluyendo Melanophryniscus paraguayensis, la única especie de anuro endémica del Paraguay. Se registró una correlación positiva entre la riqueza de especies de anuros y reptiles y la temperatura del aire en los meses de muestreo.

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