?Probabilidad de marcación de una proteína de membrana con sondas fotoactivables hidrofóbica?

? SAFFIOTI, N., ROSSI J.P.AND MANGIALAVORI I.C

Salto

Workshop; 233. Latin American Conference On Mathematical Modeling Of Biological Systems.; 2015

El uso de sondas fotoactivables es una herramienta muy útil para estudiar la estructura proteica en su entorno nativo. Estas sondas poseen generalmente un grupo diazirina que tienen la particularidad de descomponerse a un carbeno cuando es irradiada con luz ultravioleta. El grupo carbeno posee una vida media de pocos picosegundos y reacciona de forma prácticamente indiscriminada insertándose en énlaces C-H, N-H, O-H y S-H. En nuestro laboratorio se han utilizado las moléculas 3-(trifluorometil)-3-(m-iodofenil)diazirina1 (TID) y el análogo de fosfatidilcolina 1-palmitoil-2-[9-[2′-[125I]iodo-4′-(trifluorometildiazirinil)-benziloxicarbonil]-nonaoil]-sn-glicero-3-fosfocolina (TID-PC)2, que se particionan mayoritariamente en membranas biológicas. Estás sondas han permitido mapear el área accesible a la bicapa en varias proteínas de membrana3 y se presentan como una alternativa interesante para el estudio estructural dado que la mayoría de las proteínas de membrana son muy difíciles de cristalizar o de estudiar por RMN. La técnica se basa en incubar la sonda con la proteína, fotolizar, separar la macrocolécula y medir la radiactividad asociada a ésta, en función de la cantidad de sonda total. Sin embargo, aún no contamos con un modelo que nos permita calcular el área expuesta a la bicapa de una proteína en cierta conformación sobre la base de los datos experimentales. En este trabajo proponemos una forma de calcular el porcentaje de marcación con TID y TID-PC a partir de la estructura cristalográfica de proteínas de membrana de manera de calcular el área expuesta a la bicapa en proteínas de estructura no resuelta.