Identificación de secuencias plasmídicas en genomas borrador de dos géneros de Actinobacteria

MORE, SILVIA CAROLINA; PADILLA FRANZOTTI, CARLA LUCIANA; SARACHO, HAYDE; KURTH, DANIEL

Buenos Aires

Simposio; 5º Simposio Argentino de Estudiantes de Bioinformatica; 2020

RSG Argentina

Los plásmidos son moléculas de ADN extracromosomales circulares olineales, que se replican de manera autónoma. La secuenciación degenomas bacterianos ha generado un gran número de genomas ?borrador?donde no se detalla la presencia de plásmidos. Sin embargo, existenvarias herramientas que permiten predecir secuencias plasmídicas enbase a datos crudos de secuenciación, y pueden aportar a laidentificación de nuevos plásmidos. Esta identificación aportaríanuevos datos para comprender la diversidad y evolución de plásmidos,particularmente en géneros poco estudiados.Eneste trabajo estudiamos genomas de dos géneros de Actinobacteria deimportancia sanitaria y ambiental: Streptomyces y Micrococcus. Paracada genoma se generaron contigs por ensamblado de lecturas obtenidasde la base de datos SRA-NCBI. Se utilizaron cuatro herramientasindependientes de homología para la predicción de plásmidos:PlasFlow, cBar, Recycler y plasmidSPAdes. Además, enfrentamos laspredicciones con el repositorio de plásmidos online PLSDB, el cualincluye un amplio conjunto de plásmidos completos de la base dedatos NCBI, con el fin de comprobar la presencia de secuenciasnovedosas.Losgenomas ensamblados resultaron fragmentados, en general. Aun así,los métodos de predicción empleados fueron capaces de identificarsecuencias potencialmente plasmídicas. De 46 cepas de Streptomycesanalizadas se predijeron 446 secuencias que corresponderían aplásmidos o fragmentos de los mismos, incluyendo 120 quecorresponderían a elementos circulares. Estas secuencias en promediotenían una longitud de 6385 pb y un contenido de GC del 67,5%. Porotra parte, de 9 cepas de Micrococcus se encontraron 130 secuencias,de las cuales 78 podrían corresponder a plásmidos circulares. Eneste caso, las secuencias plasmídicas tenían en promedio 2909,4 pbde longitud con un contenido de GC del 59,4%.Esteanálisis permitió identificar secuencias potencialmente plasmídicaspara los dos géneros de Actinobacteria estudiados, lo cual sienta unprecedente con datos relevantes que podrán ser validados enposteriores estudios.p { margin-bottom: 0.25cm; direction: ltr; line-height: 115%; text-align: left; orphans: 2; widows: 2; background: transparent }a:link { color: #0563c1; text-decoration: underline }