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La cromatografía de afinidad (AC) es el método más eficiente para el aislamiento y purificación de proteínas en mezclas complejas. Se basa en un reconocimiento molecular entre la proteína de interés y un ligando inmovilizado sobre un soporte. Los péptidos cortos son ideales como ligandos de afinidad para separaciones industriales ya que pueden ser sintetizados a un bajo costo y en forma aséptica bajo normas GMP. Las interacciones entre los péptidos y las proteínas son generalmente moderadas, lo que resulta en condiciones suaves de elución. Es por ello que se han aplicado con éxito en numerosos procesos de purificación. Si bien, los péptidos cortos son ligandos químicamente estables, pueden existir proteasas en las mezclas crudas acompañando las proteínas a purificar. Por lo tanto, es necesario evaluar su estabilidad como ligandos cromatográficos. Los métodos de evaluación de estabilidad de péptidos existentes en literatura se basan en su comportamiento en solución, el cual difiere del comportamiento del péptido inmovilizado en un soporte cromatográfico. Además, al estar el péptido en solución en la mezcla de reacción, el estudio de los productos de degradación del péptido requiere de pasos engorrosos de purificación previo a su análisis. El objetivo de este trabajo fue diseñar un método para evaluar la estabilidad de péptidos cortos inmovilizados en fase sólida. El método consistió en: a) sintetizar el ligando peptídico a evaluar sobre bolillas de resina ChemMatrix (CM) a través del ancla 4-hidroximetilbenzoil (HMBA); b) poner una alícuota de bolillas de resina con el péptido inmovilizado en contacto con soluciones con proteasas; c) lavar las bolillas de resina tratadas y sin tratar con proteasas para eliminar los contaminantes; d) separar el péptido o sus productos de degradación de las bolillas de resina con vapor amoníaco; e) evaluar los péptidos liberados de las bolillas de resina por espectrometría de masa. El método diseñado permitió evaluar la estabilidad de los ligandos peptídicos en forma sencilla. Se pudo observar tanto el péptido sin degradar como los productos de degradación tanto por MS como por MS/MS. La evaluación de la estabilidad de los péptidos en fase sólida permitió la fácil remoción de los contaminantes para su posterior análisis. La unión del ligando peptídico a la CM a través del ancla HMBA permitió separar el péptido entero o degradado de las bolillas de resina para su posterior análisis por MS. Para ello se utilizó amoníaco que al no dejar residuos, favoreció la buena calidad de los espectros de masa. El soporte CM al estar constituido exclusivamente por uniones éter fue estable tanto en las condiciones de síntesis de péptidos como en las de clivaje de los péptidos de las bolillas. A su vez, al ser un soporte anfifílico permitió tanto la síntesis peptídica en medio orgánico, como la evaluación de la estabilidad de los péptidos en medio acuoso. El método diseñado permite evaluar de una manera sencilla la estabilidad de lo ligandos péptidicos inmovilizados en soportes sólidos para su aplicación en cromatografía de afinidad.

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