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El incremento de las proteínas terapéuticas en el mercado farmacéutico genera una demanda de nuevos ligandos de afinidad para su purificación. Los péptidos cortos como ligandos en cromatografía de afinidad son ideales para la purificación de biofármacos por su fácil síntesis, estabilidad, selectividad y afinidad. La síntesis de bibliotecas combinatorias peptídicas permite obtener millones de péptidos facilitando el descubrimiento de ligandos adecuados. El método dividir-acoplar-recombinar (DCR) asegura que todos los representantes de la biblioteca estén presentes en igual proporción en la forma de ?una bolilla-un péptido?. Hemos desarrollado una nueva estrategia de síntesis de bibliotecas combinatorias peptídicas que permite la fácil identificación de ligandos peptídicos para cualquier proteína de interés. Sobre la resina ChemMatrixR se inmovilizó ácido hidroximetilbenzoico (HMBA) y 5 residuos de glicina. Sobre esta estructura se construyó por la química Fmoc una biblioteca combinatoria peptídica del tipo ?una bolilla un péptido? XXXXG5 (X= todos los aminoácidos naturales menos Cys, Met y Trp). Se eliminaron los grupos protectores de las cadenas laterales con TFA. Se realizó el screening de la biblioteca usando como proteína modelo estreptavidina marcada con ATTO-590 (colorante con fluorescencia roja). Para el análisis de los péptidos por MALDI se colocaron las bolillas (o secciones de las mismas) directamente en la placa del equipo y se clivaron con vapor de amoniaco. Para la elución de los péptido se utilizó AcH/ACN/H2O. Se secuenciaron los péptidos por MALDI TOF-TOF utilizando como matriz ácido α-ciano-4-hydroxycinámico (CHCA). Las propiedades anfifílicas de la resina ChemMatrixR permitieron tanto la síntesis con solventes orgánicos como el screening en medio acuoso. El ester bencílico, que forma el HMBA con el primer aminoácido, es estable a piperidina y TFA con lo cual se pudo elongar el péptido por la química Fmoc y remover los grupos protectores de las cadenas laterales con TFA sin liberar el péptido de la resina. Del screening con estrepatavidina-ATTO-590 se aislaron 40 bolillas con fluorescencia. La estabilidad de la resina ChemMatrixR a condiciones nucleofílicas permitió el clivaje del péptido con vapor de amoníaco. El clivaje no dejó contaminantes facilitando la posterior secuenciación del péptido. De las 40 secuencias obtenidas, la mayoría contuvo los aminoácidos F, Y, L y H, y la secuencia más repetida fue LLHY, que a su vez mostró alta afinidad por estreptavidina.

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